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韦朝春
Life Sciences
上海交通大学
上海
Language: 英语, 汉语
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基因剪接 调控因子 基因起源 进化分析 序列影响 数据采集 高速分析 真核 肿瘤基因组 计算方法 元基因组数据 高速分析系统 真核生物泛基因组 物种基因组研究 肿瘤基因组研究 基于Gpu的系统 全基因组序列比对 高性能应用 软件工程 算法开发 系统构建 性能优化
Areas of Focus
  • 基因组学
  • 元基因组学和泛基因组学
  • 生物信息学中的高性能计算
Work Experience
  • 2015- 上海交通大学生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系教授
  • 2008-2015 上海交通大学生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系副教授
  • 2006-2007 美国微软公司软件工程师
Academic Background & Achievements
  • 1991-1996 北京大学数学学士
  • 1996-1999 北京大学信号与信息处理硕士
  • 2000-2006 美国华盛顿大学计算机科学(计算生物学)博士
  • 在包括Nature在内的期刊上发表了近50篇论文,引用次数超过5500次
Publications
  • 中国胃癌的泛基因组分析, 于洋*, 张志强*, 董晓旭*, 杨荣*, 段志远*, 向中*, 李建*, 李国庆*, 严飞*, 薛红*, 焦达*, 陆建*, 陆华*, 张伟*, 魏远*, 范森*, 李建*, 贾建*, 张建*, 纪建*, 刘平*, 陆华*, 赵红*, 陈松*, 魏朝春*, 陈华*, 朱志强*, 2022
  • 真核生物中水平基因转移区域的普遍性, 李凯, 严飞, 段志远, Adelson, D., 魏朝春*, 2022
  • 111个水稻基因组的长读序列揭示了显著更大的泛基因组, 张飞, 薛红, 董晓旭, 李明, 郑晓, 李志, 徐建, 王伟, 魏朝春*, 2022
  • HUPAN: 人类基因组的泛基因组分析管道, 段志远, 乔阳, 陆建, 陆华, 张伟, 严飞, 孙晨, 胡志, 张志强, 李国庆, 陈华, 向中, 朱志强, 赵红, 于洋*, 魏朝春*, 2019
  • 亚洲栽培稻的3,010个不同品种的基因组变异, 王伟等, 2018
  • EUPAN使大量真核生物的泛基因组研究成为可能, 胡志, 孙晨, 陆凯, 褚晓, 赵勇, 陆建, 石建*, 魏朝春*, 2017
  • RPAN: 约3,000个水稻基因组的泛基因组浏览器, 孙晨, 胡志, 陆凯, 赵勇, 陆建, 郑涛, 王伟, 石建, 张东, 李志*, 魏朝春*, 2017
  • 基于从头预测、RNA-sesq和蛋白质组学揭示缺失的人类蛋白质亚型, 胡志, Scott, H., 秦刚, 郑刚, 褚晓, 谢立, Adelson, D., Oftedal, B., Venugopal, P., Babic, M., Hahn, C., 张斌, 王晓, 李宁, 魏朝春*, 2015
  • 通过克隆TWINSCAN预测接近C.elegans ORFeome, 魏朝春, Lamesch, P., Arumugam M., Rosenberg, J., Hu, P., Vidal, M., and Brent, M. R., 2005
  • 人类肠道细菌群落中超过9,000,000个独特基因:估计人体内的基因数量, 杨晓, 谢立, 李勇, 魏朝春*, 2009
Awards
  • 2019年度中国生物信息学十大算法和工具 (2020)
  • 上海交通大学校长奖 (2019)
  • 上海交通大学教书育人奖 (2018)
  • 上海交通大学优秀教师 (2015)
  • 上海交通大学晨星计划 (2014)
  • 教育部新世纪优秀人才 (2013)
  • 上海市浦江人才计划 (2009)
  • 合成生物学iGEM国际大赛金奖 (2009, 2014, 2015, 2016, 2019, 2020, 2021)
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