Professor | 孙怡迪 | 数字化转型顾问

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Name	孙怡迪
Contact Information	ydsun@@ion.ac.cn
Language ability	中文, 英语
Province	上海

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Name

孙怡迪

Contact Information

ydsun@@ion.ac.cn

Language ability

中文, 英语

Province

上海

University/Lab Affiliation and Title	中国科学院
Faculty	institute of neuroscience Chinese academy of sciences
Academic Background & Achievements	2015 - 理学学士: 南开大学 2020 - 生物信息学博士: 中国科学院马普计算所成就: 在Cell、Science、Nature等国际期刊上发表多篇研究论文
Work Experience	2017 - 斯坦福大学 - 访问学者 2020-2023 - 中国科学院 - 青年研究员 2023-至今 - 中国科学院 - 研究员
Awards	上海市启明星 2019 - 中国生命科学十大进展

University/Lab Affiliation and Title

中国科学院

Faculty

institute of neuroscience Chinese academy of sciences

Academic Background & Achievements

2015 - 理学学士: 南开大学
2020 - 生物信息学博士: 中国科学院马普计算所
成就: 在Cell、Science、Nature等国际期刊上发表多篇研究论文

Work Experience

2017 - 斯坦福大学 - 访问学者
2020-2023 - 中国科学院 - 青年研究员
2023-至今 - 中国科学院 - 研究员

Awards

上海市启明星
2019 - 中国生命科学十大进展

Areas of Focus	多组学数据整合新方法开发基于单细胞多组学数据的大脑细胞图谱研究基于深度学习的基因编辑工具开发
Publications	肝癌类器官的药物-蛋白质基因组学特征用于精准肿瘤学, 季, S., 冯, L., 傅, Z., 吴, G., 吴, Y., 林, Y., 卢, D., 宋, Y., 崔, P., 杨, Z., 桑, C., 宋, G., 蔡, S., 李, Y., 林, H., 张, S., 王, X., 邱, S., 张, X., 华, G., 李, J., 周, J., 戴, Z., 王, X., 丁, L., 王, P., 高, D., 张, B., 罗德里格斯, H., 范, J., 克莱弗斯, H., 周, H., 孙, Y., 高, Q., 2023 单细胞空间转录组揭示猕猴皮层的细胞类型组织, 陈, A., 孙, Y., 雷, Y., 李, C., 廖, S., 孟, J., 白, Y., 刘, Z., 梁, Z., 朱, Z., 袁, N., 杨, H., 吴, Z., 姚, J., 魏, W., 李, Y., 沈, Z., 刘, L., 刘, Z., 徐, X., 李, C., 2023 胞嘧啶碱基编辑器在转基因小鼠中诱导脱靶突变和不良表型效应, 严, N., 冯, H., 孙, Y., 辛, Y., 张, H., 卢, H., 郑, J., 何, C., 左, Z., 袁, T., 李, N., 谢, L., 魏, W., 孙, Y., 左, E., 2023 mRNA m6A修饰的读取和写入协调小鼠的母体到合子过渡, 朱, W., 丁, Y., 孟, J., 顾, L., 刘, W., 李, L., 陈, H., 王, Y., 李, Z., 李, C., 孙, Y., 刘, Z., 2023 EpiCas-DL: 通过深度学习预测CRISPR介导的表观基因组编辑的sgRNA活性, 杨, Q., 吴, L., 孟, J., 马, L., 左, E., 孙, Y., 2022 TreeQNet: 用于量化网络的治疗评估的网络服务器, 李, Z., 黄, Y., 李, Q., 孙, Y., 李, C., 吴, J., 郑, H., 曾, R., 2022 内源性启动子驱动的sgRNA用于监测低丰度转录本和lncRNA的表达, 高, N., 胡, J., 何, B., 季, Z., 胡, X., 黄, J., 魏, Y., 彭, J., 魏, Y., 周, Y., 沈, X., 李, H., 冯, X., 肖, Q., 施, L., 孙, Y., 周, C., 周, H., 杨, H., 2021 完善CRISPR的靶向, 张, H., 李, T., 孙, Y., 杨, H., 2021 肠道微生物群和脂肪酸代谢对女性减肥饮食后血脂异常的影响：随机对照试验结果, 马, Y., 孙, Y., 孙, L., 刘, X., 曾, R., 林, X., 李, Y., 2021 全癌症网络紊乱通过整体和局部信号熵揭示, 冯, L., 孙, Y., 李, C., 李, Y., 陈, L., 曾, R., 2021 使用人类APOBEC3A脱氨酶的可编程C-to-U RNA编辑, 黄, X., 吕, J., 李, Y., 毛, S., 李, Z., 景, Z., 孙, Y., 张, X., 沈, S., 王, X., 狄, M., 葛, J., 黄, X., 左, E., 池, T., 2020 通过机器学习方法预测的序列上下文偏好优化C-to-G碱基编辑器, 袁, T., 严, N., 费, T., 郑, J., 孟, J., 李, N., 刘, J., 张, H., 谢, L., 英, W., 李, D., 施, L., 孙, Y., 李, Y., 李, Y., 孙, Y., 左, E., 2021 胞嘧啶碱基编辑器在小鼠胚胎中产生大量脱靶单核苷酸变异, 左, E., 孙, Y., 魏, W., 袁, T., 英, W., 孙, H., 袁, L., 斯坦梅茨, L. M., 李, Y., 杨, H., 2019 DNA碱基编辑引起的脱靶RNA突变及其通过诱变消除, 周, C., 孙, Y., 严, R., 刘, Y., 左, E., 顾, C., 韩, L., 魏, Y., 胡, X., 曾, R., 李, Y., 周, H., 郭, F., 杨, H., 2019 合理设计的胞嘧啶碱基编辑器在保持高靶向活性的同时减少DNA和RNA脱靶效应, 左, E., 孙, Y., 袁, T., 何, B., 周, C., 英, W., 刘, J., 魏, W., 曾, R., 李, Y., 杨, H., 2020 激酶-底物边缘生物标志物在ER阴性乳腺癌中提供更准确的预后预测, 孙, Y., 李, C., 庞, S., 姚, Q., 陈, L., 李, Y., 曾, R., 2020 GOTI，一种识别小鼠胚胎中基因组编辑脱靶效应的方法, 左, E., 孙, Y., 魏, W., 袁, T., 英, W., 孙, H., 袁, L., 斯坦梅茨, L. M., 李, Y., 杨, H., 2020 通过CRISPR-CasRx的胶质细胞到神经元转换缓解小鼠神经疾病的症状, 周, H., 苏, J., 胡, X., 周, C., 李, H., 陈, Z., 肖, Q., 王, B., 吴, W., 孙, Y., 周, Y., 唐, C., 刘, F., 王, L., 冯, C., 刘, M., 李, S., 张, Y., 徐, H., 姚, H., 施, L., 杨 H., 2020 CRISPR/Cas9介导的靶向染色体消除, 左, E., 霍, X., 姚, X., 胡, X., 孙, Y., 尹, J., 何, B., 王, X., 施, L., 平, J., 魏, Y., 英, W., 魏, W., 刘, W., 唐, C., 李, Y., 胡, J., 杨, H., 2017 在人类三原核合子中高效碱基编辑, 周, C., 张, M., 魏, Y., 孙, Y., 孙, Y., 潘, H., 姚, N., 钟, W., 李, Y., 李, W., 杨, H., 陈, Z., 2017 碱基编辑技术, 孙, Y., 左, E., 杨, H., 2020 转移性结直肠癌的综合组学, 李, C., 孙, Y., 余, G., 崔, J., 娄, Z., 张, H., 黄, Y., 白, C., 邓, L., 刘, P., 郑, K., 王, Y., 王, Q., 李, Q., 吴, Q., 刘, Q., 施尔, Y., 李, Y., 陈, L., 吴, J., 张, W., 曾, R., 2020

Areas of Focus

多组学数据整合新方法开发
基于单细胞多组学数据的大脑细胞图谱研究
基于深度学习的基因编辑工具开发

Publications

肝癌类器官的药物-蛋白质基因组学特征用于精准肿瘤学, 季, S., 冯, L., 傅, Z., 吴, G., 吴, Y., 林, Y., 卢, D., 宋, Y., 崔, P., 杨, Z., 桑, C., 宋, G., 蔡, S., 李, Y., 林, H., 张, S., 王, X., 邱, S., 张, X., 华, G., 李, J., 周, J., 戴, Z., 王, X., 丁, L., 王, P., 高, D., 张, B., 罗德里格斯, H., 范, J., 克莱弗斯, H., 周, H., 孙, Y., 高, Q., 2023
单细胞空间转录组揭示猕猴皮层的细胞类型组织, 陈, A., 孙, Y., 雷, Y., 李, C., 廖, S., 孟, J., 白, Y., 刘, Z., 梁, Z., 朱, Z., 袁, N., 杨, H., 吴, Z., 姚, J., 魏, W., 李, Y., 沈, Z., 刘, L., 刘, Z., 徐, X., 李, C., 2023
胞嘧啶碱基编辑器在转基因小鼠中诱导脱靶突变和不良表型效应, 严, N., 冯, H., 孙, Y., 辛, Y., 张, H., 卢, H., 郑, J., 何, C., 左, Z., 袁, T., 李, N., 谢, L., 魏, W., 孙, Y., 左, E., 2023
mRNA m6A修饰的读取和写入协调小鼠的母体到合子过渡, 朱, W., 丁, Y., 孟, J., 顾, L., 刘, W., 李, L., 陈, H., 王, Y., 李, Z., 李, C., 孙, Y., 刘, Z., 2023
EpiCas-DL: 通过深度学习预测CRISPR介导的表观基因组编辑的sgRNA活性, 杨, Q., 吴, L., 孟, J., 马, L., 左, E., 孙, Y., 2022
TreeQNet: 用于量化网络的治疗评估的网络服务器, 李, Z., 黄, Y., 李, Q., 孙, Y., 李, C., 吴, J., 郑, H., 曾, R., 2022
内源性启动子驱动的sgRNA用于监测低丰度转录本和lncRNA的表达, 高, N., 胡, J., 何, B., 季, Z., 胡, X., 黄, J., 魏, Y., 彭, J., 魏, Y., 周, Y., 沈, X., 李, H., 冯, X., 肖, Q., 施, L., 孙, Y., 周, C., 周, H., 杨, H., 2021
完善CRISPR的靶向, 张, H., 李, T., 孙, Y., 杨, H., 2021
肠道微生物群和脂肪酸代谢对女性减肥饮食后血脂异常的影响：随机对照试验结果, 马, Y., 孙, Y., 孙, L., 刘, X., 曾, R., 林, X., 李, Y., 2021
全癌症网络紊乱通过整体和局部信号熵揭示, 冯, L., 孙, Y., 李, C., 李, Y., 陈, L., 曾, R., 2021
使用人类APOBEC3A脱氨酶的可编程C-to-U RNA编辑, 黄, X., 吕, J., 李, Y., 毛, S., 李, Z., 景, Z., 孙, Y., 张, X., 沈, S., 王, X., 狄, M., 葛, J., 黄, X., 左, E., 池, T., 2020
通过机器学习方法预测的序列上下文偏好优化C-to-G碱基编辑器, 袁, T., 严, N., 费, T., 郑, J., 孟, J., 李, N., 刘, J., 张, H., 谢, L., 英, W., 李, D., 施, L., 孙, Y., 李, Y., 李, Y., 孙, Y., 左, E., 2021
胞嘧啶碱基编辑器在小鼠胚胎中产生大量脱靶单核苷酸变异, 左, E., 孙, Y., 魏, W., 袁, T., 英, W., 孙, H., 袁, L., 斯坦梅茨, L. M., 李, Y., 杨, H., 2019
DNA碱基编辑引起的脱靶RNA突变及其通过诱变消除, 周, C., 孙, Y., 严, R., 刘, Y., 左, E., 顾, C., 韩, L., 魏, Y., 胡, X., 曾, R., 李, Y., 周, H., 郭, F., 杨, H., 2019
合理设计的胞嘧啶碱基编辑器在保持高靶向活性的同时减少DNA和RNA脱靶效应, 左, E., 孙, Y., 袁, T., 何, B., 周, C., 英, W., 刘, J., 魏, W., 曾, R., 李, Y., 杨, H., 2020
激酶-底物边缘生物标志物在ER阴性乳腺癌中提供更准确的预后预测, 孙, Y., 李, C., 庞, S., 姚, Q., 陈, L., 李, Y., 曾, R., 2020
GOTI，一种识别小鼠胚胎中基因组编辑脱靶效应的方法, 左, E., 孙, Y., 魏, W., 袁, T., 英, W., 孙, H., 袁, L., 斯坦梅茨, L. M., 李, Y., 杨, H., 2020
通过CRISPR-CasRx的胶质细胞到神经元转换缓解小鼠神经疾病的症状, 周, H., 苏, J., 胡, X., 周, C., 李, H., 陈, Z., 肖, Q., 王, B., 吴, W., 孙, Y., 周, Y., 唐, C., 刘, F., 王, L., 冯, C., 刘, M., 李, S., 张, Y., 徐, H., 姚, H., 施, L., 杨 H., 2020
CRISPR/Cas9介导的靶向染色体消除, 左, E., 霍, X., 姚, X., 胡, X., 孙, Y., 尹, J., 何, B., 王, X., 施, L., 平, J., 魏, Y., 英, W., 魏, W., 刘, W., 唐, C., 李, Y., 胡, J., 杨, H., 2017
在人类三原核合子中高效碱基编辑, 周, C., 张, M., 魏, Y., 孙, Y., 孙, Y., 潘, H., 姚, N., 钟, W., 李, Y., 李, W., 杨, H., 陈, Z., 2017
碱基编辑技术, 孙, Y., 左, E., 杨, H., 2020
转移性结直肠癌的综合组学, 李, C., 孙, Y., 余, G., 崔, J., 娄, Z., 张, H., 黄, Y., 白, C., 邓, L., 刘, P., 郑, K., 王, Y., 王, Q., 李, Q., 吴, Q., 刘, Q., 施尔, Y., 李, Y., 陈, L., 吴, J., 张, W., 曾, R., 2020

多组学数据整合深度学习单细胞大脑图谱基因编辑 Crispr 生物信息学计算生物学精准医学

周海波 - 中国科学院

严军 - 中国科学院

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