Professor | 陈禹 | 数字化转型顾问

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Name	陈禹
Contact Information	y.chen3@siat.ac.cn
Language ability	中文, 英语
Province	广东

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Name

陈禹

Contact Information

y.chen3@siat.ac.cn

Language ability

中文, 英语

Province

广东

University/Lab Affiliation and Title	中国科学院大学
Faculty	Life Sciences
Academic Background & Achievements	2012-09至2018-06 博士学位: 华东理工大学 2008-09至2012-06 学士学位: 华中农业大学
Work Experience	2024-01至今 - 中国科学院深圳先进技术研究院 - 研究员 2023-02至2024-01 - 中国科学院深圳先进技术研究院 - 副研究员 2018-02至2022-12 - 查尔姆斯理工大学 - 博士后

University/Lab Affiliation and Title

中国科学院大学

Faculty

Life Sciences

Academic Background & Achievements

2012-09至2018-06 博士学位: 华东理工大学
2008-09至2012-06 学士学位: 华中农业大学

Work Experience

2024-01至今 - 中国科学院深圳先进技术研究院 - 研究员
2023-02至2024-01 - 中国科学院深圳先进技术研究院 - 副研究员
2018-02至2022-12 - 查尔姆斯理工大学 - 博士后

Areas of Focus	合成生物学系统生物学代谢工程
Publications	单细胞组学分析与基因组规模代谢建模, 陈禹, 2024 肌醇焦磷酸盐在酵母糖酵解和呼吸调控中的平衡作用, 陈禹, 2023 酵母线粒体代谢工程用于3-羟基丙酸生产, 陈禹, 2023 酵母工程用于高水平生产二萜类化合物, 陈禹, 2023 基于深度学习的k(cat)预测实现了改进的酶约束模型重建, 陈禹, 2022 通过工程化辅因子供应和回收驱动酵母中的酚酸生物合成（第18卷，第520页，2022年）, 陈禹, 2022 酵母进化以最小化合成氨基酸的蛋白质资源成本, 陈禹, 2022 通过使用蛋白质组约束的基因组规模建模提高酵母重组蛋白生产, 陈禹, 2022 酵母代谢的基因组规模建模：回顾与展望, 陈禹, 2022 GotEnzymes：一个广泛的酶参数预测数据库, 陈禹, 2022 在葡萄糖限制下，酵母的蛋白质组分配随特定生长速率线性变化, 陈禹, 2022 蛋白质组约束揭示了在营养丰富环境中提高微生物适应性的目标, 陈禹, 2021 代谢中的蛋白质组约束的数学建模, 陈禹, 2021 酵母基于代谢网络和酶动力学优化金属利用, 陈禹, 2021 酵母代谢创新通过扩展的代谢网络和基因正选择出现, 陈禹, 2021 酵母代谢工程用于发现和生产多胺及多胺类似物, 陈禹, 2021 体外周转数不反映酵母酶的体内活性, 陈禹, 2021 基因组规模建模用于了解凝结芽孢杆菌的代谢特性, 陈禹, 2020 结合机械和机器学习模型预测工程和优化色氨酸代谢, 陈禹, 2020 通过重新布线酵母中的碳代谢实现芳香化学品的高水平生产, 陈禹, 2019 能量代谢通过蛋白质效率和分配控制表型, 陈禹, 2019 系统推断酵母代谢中的功能性磷酸化事件, 陈禹, 2017 通过蛋白质磷酸化控制酵母中的流量, 陈禹, 2016 pH、葡萄糖淀粉酶、普鲁兰酶和转化酶添加对玉米粉水解物中凝结芽孢杆菌HL-5乳酸发酵残糖降解的影响, 陈禹, 2016 系统开发和优化化学定义的培养基支持凝结芽孢杆菌的高细胞密度生长, 陈禹, 2016

Areas of Focus

合成生物学
系统生物学
代谢工程

Publications

单细胞组学分析与基因组规模代谢建模, 陈禹, 2024
肌醇焦磷酸盐在酵母糖酵解和呼吸调控中的平衡作用, 陈禹, 2023
酵母线粒体代谢工程用于3-羟基丙酸生产, 陈禹, 2023
酵母工程用于高水平生产二萜类化合物, 陈禹, 2023
基于深度学习的k(cat)预测实现了改进的酶约束模型重建, 陈禹, 2022
通过工程化辅因子供应和回收驱动酵母中的酚酸生物合成（第18卷，第520页，2022年）, 陈禹, 2022
酵母进化以最小化合成氨基酸的蛋白质资源成本, 陈禹, 2022
通过使用蛋白质组约束的基因组规模建模提高酵母重组蛋白生产, 陈禹, 2022
酵母代谢的基因组规模建模：回顾与展望, 陈禹, 2022
GotEnzymes：一个广泛的酶参数预测数据库, 陈禹, 2022
在葡萄糖限制下，酵母的蛋白质组分配随特定生长速率线性变化, 陈禹, 2022
蛋白质组约束揭示了在营养丰富环境中提高微生物适应性的目标, 陈禹, 2021
代谢中的蛋白质组约束的数学建模, 陈禹, 2021
酵母基于代谢网络和酶动力学优化金属利用, 陈禹, 2021
酵母代谢创新通过扩展的代谢网络和基因正选择出现, 陈禹, 2021
酵母代谢工程用于发现和生产多胺及多胺类似物, 陈禹, 2021
体外周转数不反映酵母酶的体内活性, 陈禹, 2021
基因组规模建模用于了解凝结芽孢杆菌的代谢特性, 陈禹, 2020
结合机械和机器学习模型预测工程和优化色氨酸代谢, 陈禹, 2020
通过重新布线酵母中的碳代谢实现芳香化学品的高水平生产, 陈禹, 2019
能量代谢通过蛋白质效率和分配控制表型, 陈禹, 2019
系统推断酵母代谢中的功能性磷酸化事件, 陈禹, 2017
通过蛋白质磷酸化控制酵母中的流量, 陈禹, 2016
pH、葡萄糖淀粉酶、普鲁兰酶和转化酶添加对玉米粉水解物中凝结芽孢杆菌HL-5乳酸发酵残糖降解的影响, 陈禹, 2016
系统开发和优化化学定义的培养基支持凝结芽孢杆菌的高细胞密度生长, 陈禹, 2016

合成生物学: 基因电路代谢途径生物工程基因合成蛋白质设计细胞系统代谢网络生物传感器生物制造基因组编辑系统生物学: 计算建模生物网络数据整合组学技术动态系统调控网络途径分析细胞行为系统动力学生物信息学代谢工程: 代谢途径酶工程流量分析生物生产代谢流途径优化合成途径代谢控制生物催化

王丽敏 - 中国科学院大学

杨云强 - 中国科学院大学

林树海 - 厦门大学

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