Professor | 杨金海 | 数字化转型顾问

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Name	杨金海
Contact Information	yangjh7@mail.sysu.edu.cn
Language ability	中文, 英语
Province	广东

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杨金海

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yangjh7@mail.sysu.edu.cn

Language ability

中文, 英语

Province

广东

University/Lab Affiliation and Title	中山大学
Faculty	Life Sciences
Academic Background & Achievements	1998/9-2002/7 学士: 西南农业大学 2003/9-2008/7 博士: 中山大学国家杰出青年科学基金获得者
Work Experience	2008/7-2010/12 - 中山大学 - 讲师 2011/1-2015/12 - 中山大学 - 副教授 2016/1-至今 - 中山大学 - 教授
Awards	2022年: 国家杰出青年科学基金

University/Lab Affiliation and Title

中山大学

Faculty

Life Sciences

Academic Background & Achievements

1998/9-2002/7 学士: 西南农业大学
2003/9-2008/7 博士: 中山大学
国家杰出青年科学基金获得者

Work Experience

2008/7-2010/12 - 中山大学 - 讲师
2011/1-2015/12 - 中山大学 - 副教授
2016/1-至今 - 中山大学 - 教授

Awards

2022年: 国家杰出青年科学基金

Areas of Focus	开发新的高通量测序技术鉴定非编码RNA及RNA修饰非编码RNA和RNA修饰在疾病中的作用机制
Publications	RIP-PEN-seq识别一类kink-turn RNA作为剪接调节因子。, Li B+, Liu S+, Zheng W+, Liu A+, Yu P+, Wu D, Zhou J, Zhang P, Liu C, Lin Q, Ye J, He S, Huang Q, Zhou H, Chen J, Qu L, Yang J., 2023 RNA引导的RNA修饰：生物发生、功能和应用。, Li B, Qu L, Yang J., 2023 TP53诱导的假定长非编码RNA编码功能多肽，抑制细胞增殖。, Xu W+, Liu C+, Deng B+, Lin P+, Sun Z, Liu A, Xuan J, Li Y, Zhou K, Zhang X, Huang Q, Zhou H, He Q, Li B, Qu L, Yang J., 2022 通过外切核酸酶富集的化学方法进行单碱基分辨率的2'-O-甲基化位点映射。, Zhang P+, Huang J+, Zheng W, Chen L, Liu S, Liu A, Ye J, Zhou J, Chen Z, Huang Q, Liu S, Zhou K, Qu L, Li B, Yang J., 2023 RMBase v3.0：解码RNA修饰的景观、机制和功能。, Xuan J, Chen L, Chen Z, Pang J, Huang J, Lin J, Zheng L, Li B, Qu L, Yang J., 2023 RNA-蛋白质相互作用的分类和功能。, Liu S, Li B, Liang Q, Liu A, Qu L, Yang J., 2020 赖氨酸36上的组蛋白H3三甲基化指导m6A RNA修饰共转录。, Huang H+, Weng H+, Zhou K+, Wu T+, Zhao B. S+, Sun M, Chen Z, Deng X, Xiao G, Auer F, Klemm L, Wu H, Zuo Z, Qin X, Dong Y, Zhou Y, Qin H, Tao S, Du J, Liu J, Lu Z, Yin H, Mesquita A, Yuan C. L, Hu Y.-C, Sun W, Su R, Dong L, Shen C, Li C, Qing Y, Jiang X, Wu X, Sun M, Guan J.-L, Qu L, Wei M, Müschen M, Huang G, He C, Yang J, Chen J., 2019 一种LTR逆转录转座子衍生的lncRNA与RNF169相互作用以促进同源重组。, Deng B+, Xu W+, Wang Z, Liu C, Lin P, Li B, Huang Q, Yang J, Zhou H, Qu L., 2019 IGF2BP蛋白识别RNA N(6)-甲基腺苷增强mRNA稳定性和翻译。, Huang H+, Weng H+, Sun W+, Qin X+, Shi H+, Wu H, Zhao BS, Mesquita A, Liu C, Yuan CL, Hu YC, Hüttelmaier S, Skibbe JR, Su R, Deng X, Dong L, Sun M, Li C, Nachtergaele S, Wang Y, Hu C, Ferchen K, Greis KD, Jiang X, Wei M, Qu L, Guan JL, He C, Yang J, Chen J., 2018 局部透明细胞肾细胞癌中长非编码RNA特征的预后价值。, Qu L+, Wang ZL+, Chen Q+, Li YM+, He HW, Hsieh JJ, Xue S, Wu ZJ, Liu B, Tang H, Xu XF, Xu F, Wang J, Bao Y, Wang AB, Wang D, Yi XM, Zhou ZK, Shi CJ, Zhong K, Sheng ZC, Zhou YL, Jiang J, Chu XY, He J, Ge JP, Zhang ZY, Zhou WQ, Chen C, Yang JH, Sun YH, Wang LH., 2018 捕获新转录RNA的互作组。, Bao X, Guo X, Yin M, Tariq M, Lai Y, Kanwal S, Zhou J, Li N, Lv Y, Pulido-Quetglas C, Wang X, Ji L, Khan MJ, Zhu X, Luo Z, Shao C, Lim DH, Liu X, Li N, Wang W, He M, Liu YL, Ward C, Wang T, Zhang G, Wang D, Yang J, Chen Y, Zhang C, Jauch R, Yang YG, Wang Y, Qin B, Anko ML, Hutchins AP, Sun H, Wang H, Fu XD, Zhang B, Esteban MA., 2018 METTL14通过mRNA m(6)A修饰抑制造血干/祖细胞分化并促进白血病发生。, Weng H, Huang H, Wu H, Qin X, Zhao BS, Dong L, Shi H, Skibbe J, Shen C, Hu C, Sheng Y, Wang Y, Wunderlich M, Zhang B, Dore LC, Su R, Deng X, Ferchen K, Li C, Sun M, Lu Z, Jiang X, Marcucci G, Mulloy JC, Yang J, Qian Z, Wei M, He C, Chen J., 2018 人类癌症中RNA结合蛋白的综合基因组特征。, Wang ZL+, Li B+, Luo YX, Lin Q, Liu SR, Zhang XQ, Zhou H, Yang JH#, Qu LH., 2018 dreamBase：人类健康和疾病中表达的假基因的DNA修饰、RNA调控和蛋白质结合。, Zheng LL+, Zhou KR+, Liu S, Zhang DY, Wang ZL, Chen ZR, Yang JH, Qu LH., 2018 RMBase v2.0：从表观转录组测序数据中解码RNA修饰图。, Xuan JJ, Sun WJ, Lin PH, Zhou KR, Liu S, Zheng LL, Qu LH, Yang JH., 2018 人脑中长非编码RNA的时空转录动态。, Zhang XQ+, Wang ZL+, Poon MW+, Yang JH., 2017 Exo-miRExplorer：探索和比较分析外源性microRNA的综合资源。, Zheng LL, Deng KW, Deng AC, Wu J, Yang JH, Lun ZR, Qu LH., 2017 ChIPBase v2.0：从ChIP-seq数据解码非编码RNA和蛋白质编码基因的转录调控网络。, Zhou KR, Liu S, Sun WJ, Zheng LL, Zhou H, Yang JH, Qu LH., 2017 长非编码RNA将细胞外基质基因表达与缺血性心肌病联系起来。, Huang ZP, Ding Y, Chen J, Wu G, Kataoka M, Hu Y, Yang JH, Liu J, Drakos SG, Selzman CH, Kyselovic J, Qu LH, Dos Remedios CG, Pu WT, Wang DZ., 2016 Wnt/β-catenin通路转激活microRNA-150，通过抑制CREB信号促进结直肠癌细胞的EMT。, Guo YH, Wang LQ, Li B, Xu H, Yang JH, Zheng LS, Yu P, Zhou AD, Zhang Y, Xie SJ, Liang ZR, Zhang CM, Zhou H, Qu LH., 2016 tRF2Cancer：一个检测tRNA衍生的小RNA片段（tRFs）及其在多种癌症中表达的网络服务器。, Zheng LL, Xu WL, Liu S, Sun WJ, Li JH, Wu J, Yang JH, Qu LH., 2016 综合分析揭示了15种癌症类型中长非编码RNA的临床表型和致癌潜力。, Wang ZL+, Li B,+ Piccolo SR, Zhang XQ, Li JH, Zhou H, Yang JH, Qu LH., 2016 deepBase v2.0：从深度测序数据中识别、表达、进化和功能的小RNA、LncRNA和环状RNA。, Zheng LL, Li JH, Wu J, Sun WJ, Liu S, Wang ZL, Zhou H, Yang JH, Qu LH., 2016 RMBase：从高通量测序数据中解码RNA修饰景观的资源。, Sun WJ, Li JH, Liu S, Wu J, Zhou H, Qu LH, Yang JH., 2016 StarScan：一个从降解组测序数据中扫描小RNA靶标的网络服务器。, Liu S, Li JH, Wu J, Zhou KR, Zhou H, Yang JH, Qu LH., 2015 通过整合大规模CLIP-Seq和RNA-Seq数据集发现蛋白质-lncRNA相互作用。, Li JH, Liu S, Zheng LL, Wu J, Sun WJ, Wang ZL, Zhou H, Qu LH, Yang JH., 2015 Prader-Willi综合征位点中印记snoRNA的快速出生和死亡进化：对Euarchontoglires神经发育的启示。, Zhang YJ, Yang JH, Shi QS, Zheng LL, Liu J, Zhou H, Zhang H, Qu LH., 2014 Pachytene piRNA在晚期精子发生期间指导大规模mRNA消除。, Gou LT+, Dai P+, Yang JH+, Xue Y, Hu YP, Zhou Y, Kang JY, Wang X, Li H, Hua MM, Zhao S, Hu SD, Wu LG, Shi HJ, Li Y, Fu XD, Qu LH, Wang ED, Liu MF., 2014 一种基于contig的策略，用于在没有完整基因组资源的情况下进行全基因组microRNA的发现。, Wen JZ, Liao JY, Zheng LL, Xu H, Yang JH, Guan DG, Zhang SM, Zhou H, Qu LH., 2014 starBase v2.0：从大规模CLIP-Seq数据解码miRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA和蛋白质-RNA相互作用网络。, Li JH, Liu S, Zhou H, Qu LH, Yang JH*., 2014 一种基于contig的策略，用于在没有完整基因组资源的情况下进行全基因组microRNA的发现。, Wen JZ, Liao JY, Zheng LL, Xu H, Yang JH, Guan DG, Zhang SM, Zhou H, Qu LH., 2014 ChIPBase：一个用于解码长非编码RNA和microRNA基因转录调控的数据库。, Yang JH, Li JH, Jiang S, Zhou H, Qu LH., 2013 使用ACTLocater解码人类microRNA基因的转录调控。, Xiao ZD, Diao LT, Yang JH, Xu H, Huang MB, Deng YJ, Zhou H, Qu LH., 2013 不同阶段Trypanosoma brucei中小非编码RNA的比较转录组分析。, Zheng LL, Wen YZ, Yang JH, Liao JY, Shao P, Xu H, Zhou H, Wen JZ, Lun ZR, Ayala FJ, Qu LH., 2013 鸡胚胎早期阶段转座子衍生的piRNA样RNA和microRNA的剧烈表达变化暗示其在原肠胚形成中的作用。, Shao P, Liao JY, Guan DG, Yang JH, Zheng LL, Jing Q, Zhou H, Qu LH., 2012 starBase：一个用于探索来自Argonaute CLIP-Seq和Degradome-Seq数据的microRNA-mRNA相互作用图的数据库。, Yang JH, Li JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH., 2011 deepBase：一个用于深度注释和挖掘深度测序数据的数据库。, Yang JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH., 2010 ncRNAimprint：一个全面的哺乳动物印记非编码RNA数据库。, Zhang Y, Guan DG, Yang JH, Shao P, Zhou H, Qu LH., 2010 基于广泛测序方法的人类急性淋巴细胞白血病中小RNA和新microRNA的全基因组分析。, Zhang H+, Yang JH+, Zheng YS+, Zhang P, Chen X, Wu J, Xu L, Luo XQ, Ke ZY, Zhou H, Qu LH, Chen YQ., 2009 鸡snoRNA的全基因组分析为脊椎动物snoRNA的进化提供了独特的启示。, Shao P+, Yang JH+, Zhou H, Guan DG, Qu LH., 2009 snoSeeker：一个用于筛选人类基因组中引导和孤儿snoRNA基因的高级计算包。, Yang JH, Zhang XC, Huang ZP, Zhou H, Huang MB, Zhang S, Chen YQ, Qu LH., 2006

Areas of Focus

开发新的高通量测序技术
鉴定非编码RNA及RNA修饰
非编码RNA和RNA修饰在疾病中的作用机制

Publications

RIP-PEN-seq识别一类kink-turn RNA作为剪接调节因子。, Li B+, Liu S+, Zheng W+, Liu A+, Yu P+, Wu D, Zhou J, Zhang P, Liu C, Lin Q, Ye J, He S, Huang Q, Zhou H, Chen J, Qu L*, Yang J*., 2023
RNA引导的RNA修饰：生物发生、功能和应用。, Li B, Qu L*, Yang J*., 2023
TP53诱导的假定长非编码RNA编码功能多肽，抑制细胞增殖。, Xu W+, Liu C+, Deng B+, Lin P+, Sun Z, Liu A, Xuan J, Li Y, Zhou K, Zhang X, Huang Q, Zhou H, He Q, Li B*, Qu L*, Yang J*., 2022
通过外切核酸酶富集的化学方法进行单碱基分辨率的2'-O-甲基化位点映射。, Zhang P+, Huang J+, Zheng W, Chen L, Liu S, Liu A, Ye J, Zhou J, Chen Z, Huang Q, Liu S, Zhou K, Qu L*, Li B*, Yang J*., 2023
RMBase v3.0：解码RNA修饰的景观、机制和功能。, Xuan J*, Chen L, Chen Z, Pang J, Huang J, Lin J, Zheng L, Li B*, Qu L*, Yang J*., 2023
RNA-蛋白质相互作用的分类和功能。, Liu S, Li B, Liang Q, Liu A, Qu L*, Yang J*., 2020
赖氨酸36上的组蛋白H3三甲基化指导m6A RNA修饰共转录。, Huang H+, Weng H+, Zhou K+, Wu T+, Zhao B. S+, Sun M, Chen Z, Deng X, Xiao G, Auer F, Klemm L, Wu H, Zuo Z, Qin X, Dong Y, Zhou Y, Qin H, Tao S, Du J, Liu J, Lu Z, Yin H, Mesquita A, Yuan C. L, Hu Y.-C, Sun W, Su R, Dong L, Shen C, Li C, Qing Y, Jiang X, Wu X, Sun M, Guan J.-L, Qu L, Wei M, Müschen M, Huang G*, He C*, Yang J*, Chen J*., 2019
一种LTR逆转录转座子衍生的lncRNA与RNF169相互作用以促进同源重组。, Deng B+, Xu W+, Wang Z, Liu C, Lin P, Li B, Huang Q, Yang J*, Zhou H*, Qu L*., 2019
IGF2BP蛋白识别RNA N(6)-甲基腺苷增强mRNA稳定性和翻译。, Huang H+, Weng H+, Sun W+, Qin X+, Shi H+, Wu H, Zhao BS, Mesquita A, Liu C, Yuan CL, Hu YC, Hüttelmaier S, Skibbe JR, Su R, Deng X, Dong L, Sun M, Li C, Nachtergaele S, Wang Y, Hu C, Ferchen K, Greis KD, Jiang X, Wei M, Qu L, Guan JL, He C*, Yang J*, Chen J*., 2018
局部透明细胞肾细胞癌中长非编码RNA特征的预后价值。, Qu L+, Wang ZL+, Chen Q+, Li YM+, He HW, Hsieh JJ, Xue S, Wu ZJ, Liu B, Tang H, Xu XF, Xu F, Wang J, Bao Y, Wang AB, Wang D, Yi XM, Zhou ZK, Shi CJ, Zhong K, Sheng ZC, Zhou YL, Jiang J, Chu XY, He J, Ge JP, Zhang ZY, Zhou WQ*, Chen C*, Yang JH*, Sun YH*, Wang LH*., 2018
捕获新转录RNA的互作组。, Bao X, Guo X, Yin M, Tariq M, Lai Y, Kanwal S, Zhou J, Li N, Lv Y, Pulido-Quetglas C, Wang X, Ji L, Khan MJ, Zhu X, Luo Z, Shao C, Lim DH, Liu X, Li N, Wang W, He M, Liu YL, Ward C, Wang T, Zhang G, Wang D, Yang J, Chen Y, Zhang C, Jauch R, Yang YG, Wang Y, Qin B, Anko ML, Hutchins AP, Sun H, Wang H, Fu XD, Zhang B, Esteban MA., 2018
METTL14通过mRNA m(6)A修饰抑制造血干/祖细胞分化并促进白血病发生。, Weng H, Huang H, Wu H, Qin X, Zhao BS, Dong L, Shi H, Skibbe J, Shen C, Hu C, Sheng Y, Wang Y, Wunderlich M, Zhang B, Dore LC, Su R, Deng X, Ferchen K, Li C, Sun M, Lu Z, Jiang X, Marcucci G, Mulloy JC, Yang J, Qian Z, Wei M, He C, Chen J., 2018
人类癌症中RNA结合蛋白的综合基因组特征。, Wang ZL+, Li B+, Luo YX, Lin Q, Liu SR, Zhang XQ, Zhou H, Yang JH*#, Qu LH*., 2018
dreamBase：人类健康和疾病中表达的假基因的DNA修饰、RNA调控和蛋白质结合。, Zheng LL+, Zhou KR+, Liu S, Zhang DY, Wang ZL, Chen ZR, Yang JH*, Qu LH*., 2018
RMBase v2.0：从表观转录组测序数据中解码RNA修饰图。, Xuan JJ, Sun WJ, Lin PH, Zhou KR, Liu S, Zheng LL, Qu LH*, Yang JH*., 2018
人脑中长非编码RNA的时空转录动态。, Zhang XQ*+, Wang ZL+, Poon MW+, Yang JH*., 2017
Exo-miRExplorer：探索和比较分析外源性microRNA的综合资源。, Zheng LL, Deng KW, Deng AC, Wu J, Yang JH, Lun ZR, Qu LH., 2017
ChIPBase v2.0：从ChIP-seq数据解码非编码RNA和蛋白质编码基因的转录调控网络。, Zhou KR, Liu S, Sun WJ, Zheng LL, Zhou H, Yang JH*, Qu LH*., 2017
长非编码RNA将细胞外基质基因表达与缺血性心肌病联系起来。, Huang ZP, Ding Y, Chen J, Wu G, Kataoka M, Hu Y, Yang JH, Liu J, Drakos SG, Selzman CH, Kyselovic J, Qu LH, Dos Remedios CG, Pu WT, Wang DZ., 2016
Wnt/β-catenin通路转激活microRNA-150，通过抑制CREB信号促进结直肠癌细胞的EMT。, Guo YH, Wang LQ, Li B, Xu H, Yang JH, Zheng LS, Yu P, Zhou AD, Zhang Y, Xie SJ, Liang ZR, Zhang CM, Zhou H, Qu LH., 2016
tRF2Cancer：一个检测tRNA衍生的小RNA片段（tRFs）及其在多种癌症中表达的网络服务器。, Zheng LL, Xu WL, Liu S, Sun WJ, Li JH, Wu J, Yang JH*, Qu LH*., 2016
综合分析揭示了15种癌症类型中长非编码RNA的临床表型和致癌潜力。, Wang ZL+, Li B,+ Piccolo SR, Zhang XQ, Li JH, Zhou H, Yang JH*, Qu LH*., 2016
deepBase v2.0：从深度测序数据中识别、表达、进化和功能的小RNA、LncRNA和环状RNA。, Zheng LL, Li JH, Wu J, Sun WJ, Liu S, Wang ZL, Zhou H, Yang JH*, Qu LH*., 2016
RMBase：从高通量测序数据中解码RNA修饰景观的资源。, Sun WJ, Li JH, Liu S, Wu J, Zhou H, Qu LH*, Yang JH*., 2016
StarScan：一个从降解组测序数据中扫描小RNA靶标的网络服务器。, Liu S, Li JH, Wu J, Zhou KR, Zhou H, Yang JH*, Qu LH*., 2015
通过整合大规模CLIP-Seq和RNA-Seq数据集发现蛋白质-lncRNA相互作用。, Li JH, Liu S, Zheng LL, Wu J, Sun WJ, Wang ZL, Zhou H, Qu LH*, Yang JH*., 2015
Prader-Willi综合征位点中印记snoRNA的快速出生和死亡进化：对Euarchontoglires神经发育的启示。, Zhang YJ, Yang JH, Shi QS, Zheng LL, Liu J, Zhou H, Zhang H, Qu LH., 2014
Pachytene piRNA在晚期精子发生期间指导大规模mRNA消除。, Gou LT+, Dai P+, Yang JH+, Xue Y, Hu YP, Zhou Y, Kang JY, Wang X, Li H, Hua MM, Zhao S, Hu SD, Wu LG, Shi HJ, Li Y, Fu XD, Qu LH, Wang ED, Liu MF., 2014
一种基于contig的策略，用于在没有完整基因组资源的情况下进行全基因组microRNA的发现。, Wen JZ, Liao JY, Zheng LL, Xu H, Yang JH, Guan DG, Zhang SM, Zhou H, Qu LH., 2014
starBase v2.0：从大规模CLIP-Seq数据解码miRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA和蛋白质-RNA相互作用网络。, Li JH, Liu S, Zhou H, Qu LH*, Yang JH*., 2014
一种基于contig的策略，用于在没有完整基因组资源的情况下进行全基因组microRNA的发现。, Wen JZ, Liao JY, Zheng LL, Xu H, Yang JH, Guan DG, Zhang SM, Zhou H, Qu LH., 2014
ChIPBase：一个用于解码长非编码RNA和microRNA基因转录调控的数据库。, Yang JH, Li JH, Jiang S, Zhou H, Qu LH., 2013
使用ACTLocater解码人类microRNA基因的转录调控。, Xiao ZD, Diao LT, Yang JH, Xu H, Huang MB, Deng YJ, Zhou H, Qu LH., 2013
不同阶段Trypanosoma brucei中小非编码RNA的比较转录组分析。, Zheng LL, Wen YZ, Yang JH, Liao JY, Shao P, Xu H, Zhou H, Wen JZ, Lun ZR, Ayala FJ, Qu LH., 2013
鸡胚胎早期阶段转座子衍生的piRNA样RNA和microRNA的剧烈表达变化暗示其在原肠胚形成中的作用。, Shao P, Liao JY, Guan DG, Yang JH, Zheng LL, Jing Q, Zhou H, Qu LH., 2012
starBase：一个用于探索来自Argonaute CLIP-Seq和Degradome-Seq数据的microRNA-mRNA相互作用图的数据库。, Yang JH, Li JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH., 2011
deepBase：一个用于深度注释和挖掘深度测序数据的数据库。, Yang JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH., 2010
ncRNAimprint：一个全面的哺乳动物印记非编码RNA数据库。, Zhang Y, Guan DG, Yang JH, Shao P, Zhou H, Qu LH., 2010
基于广泛测序方法的人类急性淋巴细胞白血病中小RNA和新microRNA的全基因组分析。, Zhang H+, Yang JH+, Zheng YS+, Zhang P, Chen X, Wu J, Xu L, Luo XQ, Ke ZY, Zhou H, Qu LH, Chen YQ., 2009
鸡snoRNA的全基因组分析为脊椎动物snoRNA的进化提供了独特的启示。, Shao P+, Yang JH+, Zhou H, Guan DG, Qu LH., 2009
snoSeeker：一个用于筛选人类基因组中引导和孤儿snoRNA基因的高级计算包。, Yang JH, Zhang XC, Huang ZP, Zhou H, Huang MB, Zhang S, Chen YQ, Qu LH., 2006

Rna-Seq 高通量测序非编码Rna Rna修饰生物信息学疾病机制蛋白质互作 Rna生物学 Rna医学

肖景发 - 中国科学院大学

肖景发 - 中国科学院大学

王丽君 - 上海大学

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表观遗传学 | 心血管 | 健康 | 运动 | Rna | 疾病机制 | 分子生物学 | 干预 | Rna修饰 | 研究

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