Professor | 陈曦 | 数字化转型顾问

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Name	陈曦
Contact Information	chenx9@sustech.edu.cn
Language ability	英语, 汉语
Province	广东省

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Name

陈曦

Contact Information

chenx9@sustech.edu.cn

Language ability

英语, 汉语

Province

广东省

University/Lab Affiliation and Title	南方科技大学
Faculty	Life Sciences
Academic Background & Achievements	2009 - 2012 博士: 曼彻斯特大学生命科学系 2005 - 2009 本科: 北京大学医学部医学实验专业发现并阐明了促癌转录因子FOXM1在细胞周期G2/M期的调控机制。
Work Experience	2019 至今 - 南方科技大学生物系, 助理教授 2016 至 2019 - 维康桑格研究所, 高级研究员 2013 至 2016 - 欧洲生物信息研究所, 博士后 2012 至 2013 - 曼彻斯特大学生命科学系, 研究助理

University/Lab Affiliation and Title

南方科技大学

Faculty

Life Sciences

Academic Background & Achievements

2009 - 2012 博士: 曼彻斯特大学生命科学系
2005 - 2009 本科: 北京大学医学部医学实验专业
发现并阐明了促癌转录因子FOXM1在细胞周期G2/M期的调控机制。

Work Experience

2019 至今 - 南方科技大学生物系, 助理教授
2016 至 2019 - 维康桑格研究所, 高级研究员
2013 至 2016 - 欧洲生物信息研究所, 博士后
2012 至 2013 - 曼彻斯特大学生命科学系, 研究助理

Areas of Focus	单细胞表观遗传以及转录组测序技术开发基因组学数据的挖掘以及生物信息分析以T细胞和干细胞为模型，研究转录因子以及染色质复合物在控制细胞命运决定以及记忆中的作用和机制
Publications	基因组范围的CRISPR筛选在T辅助细胞中揭示了激活和分化之间的普遍交叉谈话, Henriksson, J., 陈曦, Gomes, T., Ullah, U., 和 Meyer, K.B., 2019 BAF和PRC2复合体亚单位Dpf2和Eed对立地汇聚在Tbx3上以控制ESC分化, Zhang, W., Chronis, C., 陈曦, Zhang, H., Spalinskas, R., Pardo, M., Chen, L., Wu, G., Zhu, Z., Yu, Y., 等., 2019 单细胞染色质可及性分析的快速和稳健方法, 陈曦, Miragaia, R.J., Natarajan, K.N., 和 Teichmann, S.A., 2018 单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析心脏祖细胞过渡状态和谱系定居, Jia, G., Preussner, J., 陈曦, Guenther, S., Yuan, X., Yekelchyk, M., Kuenne, C., Looso, M., Zhou, Y., Teichmann, S., 等., 2018 细胞和物种之间的基因表达变异性塑造了先天免疫, Hagai, T., 陈曦, Miragaia, R.J., Rostom, R., Gomes, T., Kunowska, N., Henriksson, J., Park, J.-E., Proserpio, V., Donati, G., 等., 2018 全基因组分析揭示IRE1a-XBP1途径通过解决分泌应激和加速增殖促进T辅助细胞分化, Pramanik, J., 陈曦, Kar, G., Henriksson, J., Gomes, T., Park, J.-E., Natarajan, K., Meyer, K.B., Miao, Z., McKenzie, A.N.J., 等., 2018 全基因组结合研究揭示了Forkhead转录因子之间的DNA结合特异性机制和功能互作, 陈曦, Ji, Z., Webber, A., 和 Sharrocks, A.D., 2016 单细胞RNA-seq识别了一个PD-1hi ILC祖细胞并定义了其发展途径, Yu, Y., Tsang, J.C.H., Wang, C., Clare, S., Wang, J., 陈曦, Brandt, C., Kane, L., Campos, L.S., Lu, L., 等., 2016 多SUMO结合蛋白的筛选揭示了一种多SIM结合机制，用于招募转录调节器ZMYM2到染色质, Aguilar-Martinez, E., 陈曦, Webber, A., Paul Mould, A., Seifert, A., Hay, R.T., 和 Sharrocks, A.D., 2015 FOXM1靶基因网络及其共调节伙伴在食管腺癌中的失调, Wiseman, E.F., 陈曦, Han, N., Webber, A., Ji, Z., Sharrocks, A.D., 和 Ang, Y.S., 2015 Forkhead转录因子FOXM1通过一种非典型的染色质结合机制控制细胞周期依赖性基因表达, 陈曦, Müller, G.A., Quaas, M., Fischer, M., Han, N., Stutchbury, B., Sharrocks, A.D., 和 Engeland, K., 2013 从组织到细胞类型再回到组织：组织架构的单细胞基因表达分析, 陈曦, Teichmann, S.A., 和 Meyer, K.B., 2018 单细胞分析的阈值, 陈曦, Love, J.C., Navin, N.E., Pachter, L., Stubbington, M.J.T., Svensson, V., Sweedler, J.V., 和 Teichmann, S.A., 2016 单细胞基因组学时代的遗传学和免疫学, Vieira Braga, F.A., Teichmann, S.A., 和陈曦, 2016 ChIPmentation用于低输入体内蛋白-DNA相互作用分析, Kunowska, N., 陈曦., 2019

Areas of Focus

单细胞表观遗传以及转录组测序技术开发
基因组学数据的挖掘以及生物信息分析
以T细胞和干细胞为模型，研究转录因子以及染色质复合物在控制细胞命运决定以及记忆中的作用和机制

Publications

基因组范围的CRISPR筛选在T辅助细胞中揭示了激活和分化之间的普遍交叉谈话, Henriksson, J.*, 陈曦*, Gomes, T., Ullah, U., 和 Meyer, K.B., 2019
BAF和PRC2复合体亚单位Dpf2和Eed对立地汇聚在Tbx3上以控制ESC分化, Zhang, W.*, Chronis, C.*, 陈曦*, Zhang, H., Spalinskas, R., Pardo, M., Chen, L., Wu, G., Zhu, Z., Yu, Y., 等., 2019
单细胞染色质可及性分析的快速和稳健方法, 陈曦, Miragaia, R.J., Natarajan, K.N., 和 Teichmann, S.A., 2018
单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析心脏祖细胞过渡状态和谱系定居, Jia, G.*, Preussner, J.*, 陈曦*, Guenther, S., Yuan, X., Yekelchyk, M., Kuenne, C., Looso, M., Zhou, Y., Teichmann, S., 等., 2018
细胞和物种之间的基因表达变异性塑造了先天免疫, Hagai, T., 陈曦, Miragaia, R.J., Rostom, R., Gomes, T., Kunowska, N., Henriksson, J., Park, J.-E., Proserpio, V., Donati, G., 等., 2018
全基因组分析揭示IRE1a-XBP1途径通过解决分泌应激和加速增殖促进T辅助细胞分化, Pramanik, J., 陈曦, Kar, G., Henriksson, J., Gomes, T., Park, J.-E., Natarajan, K., Meyer, K.B., Miao, Z., McKenzie, A.N.J., 等., 2018
全基因组结合研究揭示了Forkhead转录因子之间的DNA结合特异性机制和功能互作, 陈曦, Ji, Z., Webber, A., 和 Sharrocks, A.D., 2016
单细胞RNA-seq识别了一个PD-1hi ILC祖细胞并定义了其发展途径, Yu, Y., Tsang, J.C.H., Wang, C., Clare, S., Wang, J., 陈曦, Brandt, C., Kane, L., Campos, L.S., Lu, L., 等., 2016
多SUMO结合蛋白的筛选揭示了一种多SIM结合机制，用于招募转录调节器ZMYM2到染色质, Aguilar-Martinez, E., 陈曦, Webber, A., Paul Mould, A., Seifert, A., Hay, R.T., 和 Sharrocks, A.D., 2015
FOXM1靶基因网络及其共调节伙伴在食管腺癌中的失调, Wiseman, E.F., 陈曦, Han, N., Webber, A., Ji, Z., Sharrocks, A.D., 和 Ang, Y.S., 2015
Forkhead转录因子FOXM1通过一种非典型的染色质结合机制控制细胞周期依赖性基因表达, 陈曦, Müller, G.A., Quaas, M., Fischer, M., Han, N., Stutchbury, B., Sharrocks, A.D., 和 Engeland, K., 2013
从组织到细胞类型再回到组织：组织架构的单细胞基因表达分析, 陈曦, Teichmann, S.A., 和 Meyer, K.B., 2018
单细胞分析的阈值, 陈曦, Love, J.C., Navin, N.E., Pachter, L., Stubbington, M.J.T., Svensson, V., Sweedler, J.V., 和 Teichmann, S.A., 2016
单细胞基因组学时代的遗传学和免疫学, Vieira Braga, F.A.*, Teichmann, S.A., 和陈曦*, 2016
ChIPmentation用于低输入体内蛋白-DNA相互作用分析, Kunowska, N.*, 陈曦*., 2019

单细胞表观遗传学转录组学测序基因组学生物信息学数据挖掘 T细胞干细胞转录因子

刘小龙 - 中国科学院大学

徐明恺 - 中国科学院大学

王晨飞 - 同济大学

Area of Focus
生物信息学 | 单细胞 | 多组学 | 空间 | 表观遗传学 | 代谢 | 细胞身份 | 衰老 | 免疫疾病 | 干预

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