Professor | 吴秋 | 数字化转型顾问

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Name	吴秋
Contact Information	qiu_wu@tongji.edu.cn
Language ability	中文, 英语
Province	上海

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Name

吴秋

Contact Information

qiu_wu@tongji.edu.cn

Language ability

中文, 英语

Province

上海

University/Lab Affiliation and Title	同济大学
Faculty	Life Sciences
Academic Background & Achievements	2013-2018 生物学博士：同济大学 2009-2013 植物保护学士：四川农业大学在Cell Stem Cell和Nucleic Acids Research等著名期刊上发表研究获得上海市超级博士后和其他国家级资助
Work Experience	2023.05 - 至今 - 同济大学，生命科学与技术学院，助理教授 2018.09 - 2023.05 - 同济大学，生命科学与技术学院，博士后 2014.07 - 2015.09 - 哈佛大学Dana-Farber癌症研究所，访问学者
Awards	上海市超级博士后国家自然科学基金青年项目博士后面上项目

University/Lab Affiliation and Title

同济大学

Faculty

Life Sciences

Academic Background & Achievements

2013-2018 生物学博士：同济大学
2009-2013 植物保护学士：四川农业大学
在Cell Stem Cell和Nucleic Acids Research等著名期刊上发表研究
获得上海市超级博士后和其他国家级资助

Work Experience

2023.05 - 至今 - 同济大学，生命科学与技术学院，助理教授
2018.09 - 2023.05 - 同济大学，生命科学与技术学院，博士后
2014.07 - 2015.09 - 哈佛大学Dana-Farber癌症研究所，访问学者

Awards

上海市超级博士后
国家自然科学基金青年项目
博士后面上项目

Areas of Focus	单细胞及空间功能基因组学技术方法开发免疫疾病与衰老的表观遗传调控
Publications	特定阶段的H3K9me3占位确保人类植入前胚胎中的逆转录因子沉默, Xu R, Li S, Wu Q, Li C, Jiang M, Guo L, Chen M, Yang L, Dong X, Wang H, Wang C#, Liu X#, Ou X#, Gao S#, 2022 STRIDE：使用单细胞RNA测序准确分解和整合空间转录组学, Sun D, Liu Z, Li T, Wu Q#, Wang C#, 2022 Cistrome Data Browser：人类和小鼠中ChIP-Seq和染色质可及性数据的数据门户, Mei S, Qin Q, Wu Q, Sun H, Zhen R, Zang C, Zhu M, Wu J, Shi X, Taing L, Liu T, Brown M, Meyer CA#, Liu XS#, 2016 ChiLin：一个全面的ChIP-seq和DNase-seq质量控制和分析管道, Qin Q, Mei S, Wu Q, Sun H, Li L, Taing L, Chen S, Li F, Liu T, Zang C, Xu H, Chen Y, Meyer CA, Zhang Y, Brown M, Long HW#, Liu XS#, 2016 癌细胞通过增强的双链断裂修复途径抵抗IFN-γ, Han T, Wang X, Shi S, Zhang W, Wang J, Wu Q, Li Z, Fu J, Zheng R, Zhang J, Tang Q, Zhang P#, Wang C#, 2023 受精后动态核小体组织揭示了小鼠合子基因组激活的调节因素, Wang C, Chen C, Liu X, Li C, Wu Q, Chen X, Yang L, Kou X, Zhao Y, Wang H, Gao Y#, Zhang Y#, Gao S#, 2022 Lisa：通过整合建模公共染色质可及性和ChIP-seq数据推断转录调节因子, Qin Q, Fan J, Zheng R, Wan C, Mei S, Wu Q, Sun H, Brown M, Zhang J#, Meyer CA#, Liu XS#, 2020 Cistrome Data Browser：扩展数据集和新工具用于基因调控分析, Zheng R, Wan C, Mei S, Qin Q, Wu Q, Sun H, Chen CH, Brown M, Zhang XY#, Meyer CA#, Liu XS#, 2019 雌激素调节的反馈循环限制了针对雌激素受体的乳腺癌治疗的有效性, Xiao T, Li W, Wang X, Xu H, Yang J, Wu Q, Huang Y, Geradts J, Jiang P, Fei T, Chi D, Zang C, Liao Q, Rennhack J, Andrechek E, Li N, Detre S, Dowsett M, Jeselsohn R, Liu X#, Myles B#, 2018 Cistrome Cancer：癌症中整合基因调控建模的网络资源, Mei S, Meyer CA, Zheng R, Qin Q, Wu Q, Jiang P, Li B, Shi X, Wang B, Fan J, Brown M, Zang C#, Liu XS#, 2017 全基因组CRISPR筛选识别HNRNPL作为调节RNA剪接的前列腺癌依赖性, Fei T, Chen Y, Xiao T, Li W, Cato L, Zhang P, Cotter MB, Bowden M, Lis RT, Zhao SG, Wu Q, Feng FY, Loda M, He HH, Liu XS#, Brown M#, 2017 使用全基因组组蛋白H3K27ac剖面的数据集建模顺式调控, Wang S, Zang C, Xiao T, Fan J, Mei S, Qin Q, Wu Q, Li XJ, Xu K, He HH, Brown M, Meyer CA#, Liu XS#, 2016 改进CRISPR sgRNA设计的序列决定因素, Xu H, Xiao T*, Chen CH, Meyer CA, Wu Q, Wu D, Cong L, Zhang F, Liu JS, Brown M#, Liu XS#, 2015

Areas of Focus

单细胞及空间功能基因组学技术方法开发
免疫疾病与衰老的表观遗传调控

Publications

特定阶段的H3K9me3占位确保人类植入前胚胎中的逆转录因子沉默, Xu R*, Li S*, Wu Q*, Li C*, Jiang M*, Guo L, Chen M, Yang L, Dong X, Wang H, Wang C#, Liu X#, Ou X#, Gao S#, 2022
STRIDE：使用单细胞RNA测序准确分解和整合空间转录组学, Sun D, Liu Z, Li T, Wu Q#, Wang C#, 2022
Cistrome Data Browser：人类和小鼠中ChIP-Seq和染色质可及性数据的数据门户, Mei S*, Qin Q*, Wu Q*, Sun H, Zhen R, Zang C, Zhu M, Wu J, Shi X, Taing L, Liu T, Brown M, Meyer CA#, Liu XS#, 2016
ChiLin：一个全面的ChIP-seq和DNase-seq质量控制和分析管道, Qin Q*, Mei S*, Wu Q*, Sun H, Li L, Taing L, Chen S, Li F, Liu T, Zang C, Xu H, Chen Y, Meyer CA, Zhang Y, Brown M, Long HW#, Liu XS#, 2016
癌细胞通过增强的双链断裂修复途径抵抗IFN-γ, Han T*, Wang X*, Shi S, Zhang W, Wang J, Wu Q, Li Z, Fu J, Zheng R, Zhang J, Tang Q, Zhang P#, Wang C#, 2023
受精后动态核小体组织揭示了小鼠合子基因组激活的调节因素, Wang C*, Chen C*, Liu X*, Li C*, Wu Q, Chen X, Yang L, Kou X, Zhao Y, Wang H, Gao Y#, Zhang Y#, Gao S#, 2022
Lisa：通过整合建模公共染色质可及性和ChIP-seq数据推断转录调节因子, Qin Q*, Fan J*, Zheng R, Wan C, Mei S, Wu Q, Sun H, Brown M, Zhang J#, Meyer CA#, Liu XS#, 2020
Cistrome Data Browser：扩展数据集和新工具用于基因调控分析, Zheng R*, Wan C*, Mei S, Qin Q, Wu Q, Sun H, Chen CH, Brown M, Zhang XY#, Meyer CA#, Liu XS#, 2019
雌激素调节的反馈循环限制了针对雌激素受体的乳腺癌治疗的有效性, Xiao T*, Li W*, Wang X, Xu H, Yang J, Wu Q, Huang Y, Geradts J, Jiang P, Fei T, Chi D, Zang C, Liao Q, Rennhack J, Andrechek E, Li N, Detre S, Dowsett M, Jeselsohn R, Liu X#, Myles B#, 2018
Cistrome Cancer：癌症中整合基因调控建模的网络资源, Mei S*, Meyer CA*, Zheng R, Qin Q, Wu Q, Jiang P, Li B, Shi X, Wang B, Fan J, Brown M, Zang C#, Liu XS#, 2017
全基因组CRISPR筛选识别HNRNPL作为调节RNA剪接的前列腺癌依赖性, Fei T*, Chen Y*, Xiao T, Li W, Cato L, Zhang P, Cotter MB, Bowden M, Lis RT, Zhao SG, Wu Q, Feng FY, Loda M, He HH, Liu XS#, Brown M#, 2017
使用全基因组组蛋白H3K27ac剖面的数据集建模顺式调控, Wang S*, Zang C*, Xiao T, Fan J, Mei S, Qin Q, Wu Q, Li XJ, Xu K, He HH, Brown M, Meyer CA#, Liu XS#, 2016
改进CRISPR sgRNA设计的序列决定因素, Xu H*, Xiao T*, Chen CH, Meyer CA, Wu Q, Wu D, Cong L, Zhang F, Liu JS, Brown M#, Liu XS#, 2015

单细胞空间基因组学功能基因组学计算方法表观遗传学免疫疾病衰老疾病机制基因鉴定复杂生物系统

王晨飞 - 同济大学

Area of Focus
生物信息学 | 单细胞 | 多组学 | 空间 | 表观遗传学 | 代谢 | 细胞身份 | 衰老 | 免疫疾病 | 干预

吴秋 - 同济大学

沈立 - 浙江大学

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