Professor | 郑瑚 | 数字化转型顾问

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Name	郑瑚
Contact Information	albert.cheng@ioz.ac.cn
Language ability	英语, 中文
Province	北京

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郑瑚

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albert.cheng@ioz.ac.cn

Language ability

英语, 中文

Province

北京

University/Lab Affiliation and Title	中国科学院
Faculty	Institute of Zoology
Academic Background & Achievements	2014年 - 博士: 麻省理工学院，计算与系统生物学系成就: 将H3K27ac鉴定为活性增强子的标志；分析了癌症转移及红细胞生成中的RNA选择性剪接；构建了CRISPR-on基因激活工具
Work Experience	2014年 - 加入美国杰克逊实验室，成为首批杰克逊学者之一 2015年7月 - 在杰克逊实验室及其后于亚利桑那州立大学建立独立实验室

University/Lab Affiliation and Title

中国科学院

Faculty

Institute of Zoology

Academic Background & Achievements

2014年 - 博士: 麻省理工学院，计算与系统生物学系
成就: 将H3K27ac鉴定为活性增强子的标志；分析了癌症转移及红细胞生成中的RNA选择性剪接；构建了CRISPR-on基因激活工具

Work Experience

2014年 - 加入美国杰克逊实验室，成为首批杰克逊学者之一
2015年7月 - 在杰克逊实验室及其后于亚利桑那州立大学建立独立实验室

Areas of Focus	开发基因组、表观基因组和转录组编辑和传感的新方法开发三维基因组结构成像技术研究发育和疾病中的三维基因组、表观基因组和转录组的变化开发新型基因疗法建立人工 DNA/RNA 结合蛋白和引导 RNA 设计的计算模型
Publications	CRISPR RNA scaffold同时多功能转录组工程, Liu, Z., Jillette N., Robson, P., Cheng, A.W., 2023 CRISPR介导的多重活细胞成像非重复基因组位点，每个位点一个引导RNA, Clow, P.A., Du, M., Jillette, N., Taghbalout, A., Zhu, J.J., Cheng, A.W., 2022 活细胞成像显示癌症中染色体外DNA元素的不均匀分离和转录活跃的染色体外DNA中心, Yi, E., Gujar, A.D., Guthrie, M., Kim, H., Zhao, D., Johnson K.C., Amin, S.B., Costa, M.L., Yu, Q., Das, S., Jillette, N., Clow, P.A., Cheng, A.W., Verhaak, R.G.W., 2022 JACKIE: 快速枚举全基因组单拷贝和多拷贝CRISPR目标位点及其脱靶数量, Zhu, J.J., Cheng, A.W., 2022 CRISPR人工剪接因子, Du, M., Jillette, N., Zhu, J.J., Li, S., Cheng, A.W., 2020 C11orf95-RELA在顶盖上室管膜瘤中重编程3D表观基因组, Zhu, J.J., Jillette, N., Li X., Cheng, A.W., Lau C.C., 2020 通过Casilio-ME介导的RNA引导的甲基胞嘧啶氧化和DNA修复途径耦合增强CRISPR基于DNA去甲基化, Taghbalout, A., Du, M., Jillette, N., Rosikiewicz, W. Rath, A., Heinen, C., Li, S., Cheng, A.W., 2019 分裂可选择标记, Jillette, N., Du, M., Zhu, J.J., Cardoz, P., Cheng, A.W., 2019 Casilio: 一种用于基因调控和基因组标记的多功能CRISPR-Cas9-Pumilio杂交体, Cheng, A.W., Jillette, N., Lee, P., Plaskon, D., Fujiwara, Y., Wang, W., Taghbalout, A., Wang, H., 2016 Muscleblind-like 1 (Mbnl1)在终末红细胞生成期间调节pre-mRNA选择性剪接, Cheng, A.W., Shi, J., Wong, P., Luo, K.L., Trepman, P., Wang, E.T., Choi, H., Burge, C.B., Lodish, H.F., 2014 通过CRISPR-on，一个RNA引导的转录激活系统的内源基因多重激活, Cheng, A.W., Wang, H., Yang, H, Shi, L., Katz, Y., Theunissen, T.W., Rangarajan, S., Shivalila, C.S., Dadon, D.B., Jaenisch, R., 2013 通过CRISPR/Cas介导的基因组工程一步生成携带报告和条件等位基因的小鼠, Yang, H., Wang, H., Shivalila, C.S., Cheng, A.W., Shi, L., Jaenisch, R., 2013 通过CRISPR/Cas介导的基因组工程一步生成携带多基因突变的小鼠, Wang, H., Yang, H., Shivalila, C.S., Dawlaty, M.M., Cheng, A.W., Zhang, F., Jaenisch, R., 2013 细胞重编程期间的单细胞表达分析揭示了早期随机和晚期分层阶段, Buganim, Y., Faddah D.A., Cheng, A.W., Itskovich, E., Markoulaki, S., Gantz, K., Klemm S.L., van Oudenaarden A., Jaenisch, R., 2012 在人类乳腺癌中发生的EMT驱动的选择性剪接程序并调节细胞表型, Shapiro, I.M., Cheng, A.W., Flytzanis, N.C., Balsamo, M., Condeelis, J.S., Oktay, M.H., Burge, C.B., Gertler, F.B., 2011 组蛋白H3K27ac将活性增强子与待激活增强子分开并预测发育状态, Creyghton, M.P., Cheng A.W., Welstead, G.G., Kooistra, T., Carey, B.W., Steine, E.J., Hanna, J., Lodato, M.A., Frampton, G.M., Sharp, P.A., Boyer, L.A., Young, R.A., Jaenisch, R., 2010

Areas of Focus

开发基因组、表观基因组和转录组编辑和传感的新方法
开发三维基因组结构成像技术
研究发育和疾病中的三维基因组、表观基因组和转录组的变化
开发新型基因疗法
建立人工 DNA/RNA 结合蛋白和引导 RNA 设计的计算模型

Publications

CRISPR RNA scaffold同时多功能转录组工程, Liu, Z., Jillette N., Robson, P., Cheng, A.W., 2023
CRISPR介导的多重活细胞成像非重复基因组位点，每个位点一个引导RNA, Clow, P.A., Du, M., Jillette, N., Taghbalout, A., Zhu, J.J., Cheng, A.W., 2022
活细胞成像显示癌症中染色体外DNA元素的不均匀分离和转录活跃的染色体外DNA中心, Yi, E., Gujar, A.D., Guthrie, M., Kim, H., Zhao, D., Johnson K.C., Amin, S.B., Costa, M.L., Yu, Q., Das, S., Jillette, N., Clow, P.A., Cheng, A.W., Verhaak, R.G.W., 2022
JACKIE: 快速枚举全基因组单拷贝和多拷贝CRISPR目标位点及其脱靶数量, Zhu, J.J., Cheng, A.W., 2022
CRISPR人工剪接因子, Du, M., Jillette, N., Zhu, J.J., Li, S., Cheng, A.W., 2020
C11orf95-RELA在顶盖上室管膜瘤中重编程3D表观基因组, Zhu, J.J., Jillette, N., Li X., Cheng, A.W., Lau C.C., 2020
通过Casilio-ME介导的RNA引导的甲基胞嘧啶氧化和DNA修复途径耦合增强CRISPR基于DNA去甲基化, Taghbalout, A., Du, M., Jillette, N., Rosikiewicz, W. Rath, A., Heinen, C., Li, S., Cheng, A.W., 2019
分裂可选择标记, Jillette, N., Du, M., Zhu, J.J., Cardoz, P., Cheng, A.W., 2019
Casilio: 一种用于基因调控和基因组标记的多功能CRISPR-Cas9-Pumilio杂交体, Cheng, A.W., Jillette, N., Lee, P., Plaskon, D., Fujiwara, Y., Wang, W., Taghbalout, A., Wang, H., 2016
Muscleblind-like 1 (Mbnl1)在终末红细胞生成期间调节pre-mRNA选择性剪接, Cheng, A.W., Shi, J., Wong, P., Luo, K.L., Trepman, P., Wang, E.T., Choi, H., Burge, C.B., Lodish, H.F., 2014
通过CRISPR-on，一个RNA引导的转录激活系统的内源基因多重激活, Cheng, A.W., Wang, H., Yang, H, Shi, L., Katz, Y., Theunissen, T.W., Rangarajan, S., Shivalila, C.S., Dadon, D.B., Jaenisch, R., 2013
通过CRISPR/Cas介导的基因组工程一步生成携带报告和条件等位基因的小鼠, Yang, H., Wang, H., Shivalila, C.S., Cheng, A.W., Shi, L., Jaenisch, R., 2013
通过CRISPR/Cas介导的基因组工程一步生成携带多基因突变的小鼠, Wang, H., Yang, H., Shivalila, C.S., Dawlaty, M.M., Cheng, A.W., Zhang, F., Jaenisch, R., 2013
细胞重编程期间的单细胞表达分析揭示了早期随机和晚期分层阶段, Buganim, Y., Faddah D.A., Cheng, A.W., Itskovich, E., Markoulaki, S., Gantz, K., Klemm S.L., van Oudenaarden A., Jaenisch, R., 2012
在人类乳腺癌中发生的EMT驱动的选择性剪接程序并调节细胞表型, Shapiro, I.M., Cheng, A.W., Flytzanis, N.C., Balsamo, M., Condeelis, J.S., Oktay, M.H., Burge, C.B., Gertler, F.B., 2011
组蛋白H3K27ac将活性增强子与待激活增强子分开并预测发育状态, Creyghton, M.P., Cheng A.W., Welstead, G.G., Kooistra, T., Carey, B.W., Steine, E.J., Hanna, J., Lodato, M.A., Frampton, G.M., Sharp, P.A., Boyer, L.A., Young, R.A., Jaenisch, R., 2010

基因组编辑表观基因组转录组三维基因组基因疗法 Crispr Rna剪接合成生物学计算模型 Dna/Rna结合

王皓毅 - 中国科学院

王明 - 中国科学院

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