Professor | 徐锦 | 数字化转型顾问

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Name	徐锦
Contact Information	xujin7@mail.sysu.edu.cn
Language ability	英语, 中文
Province	广东

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徐锦

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xujin7@mail.sysu.edu.cn

Language ability

英语, 中文

Province

广东

University/Lab Affiliation and Title	中山大学
Faculty	Life Sciences
Academic Background & Achievements	2019-至今: 中山大学教授 2014-2019: 斯坦福大学医学院博士后（导师：Howard Y. Chang） 2008-2014: 中科院北京基因组研究所生物信息学博士（导师: Chung-I Wu） 2003-2007: 东北师范大学软件工程学士 2019: 中山大学“百人计划”引进人才
Work Experience	2019-至今 - 中山大学 - 教授 2014-2019 - 斯坦福大学医学院 - 博士后
Awards	2019: 中山大学“百人计划”引进人才

University/Lab Affiliation and Title

中山大学

Faculty

Life Sciences

Academic Background & Achievements

2019-至今: 中山大学教授
2014-2019: 斯坦福大学医学院博士后（导师：Howard Y. Chang）
2008-2014: 中科院北京基因组研究所生物信息学博士（导师: Chung-I Wu）
2003-2007: 东北师范大学软件工程学士
2019: 中山大学“百人计划”引进人才

Work Experience

2019-至今 - 中山大学 - 教授
2014-2019 - 斯坦福大学医学院 - 博士后

Awards

2019: 中山大学“百人计划”引进人才

Areas of Focus	单细胞测序技术比较基因组学和功能基因组学细胞中线粒体突变
Publications	MitoSort: 使用内源性线粒体变异对混合单细胞基因组数据进行稳健的去重。, Zhongjie Tang, Weixing Zhang, Peiyu Shi, Sijun Li, Xinhui Li, Yueming Li, Yicong Xu, Yaqing Shu, Zheng Hu, Jin Xu, 2024 通过scRNA-seq和scATAC-seq分析揭示Cd36+嗅觉感受神经元的细胞多样性调控机制。, Jiawen Yang, Peiyu Shi, Yiheng Li, Yachao Zuo, Yage Nie, Tao Xu, Dongjie Peng, Ziyang An, Tingting Huang, Jingyi Zhang, Weixing Zhang, Yicong Xu, Zhongjie Tang, Anan Li, Jin Xu, 2024 体细胞-生殖系通信驱动果蝇睾丸的性别维持。, Rui Zhang, Peiyu Shi, Shuyang Xu, Zhe Ming, Zicong Liu, Yuanyuan He, Junbiao Dai, Erika Matunis, Jin Xu, Qing Ma, 2024 成年小鼠脑内皮细胞的整合多组学分析及其在阿尔茨海默病中的潜在意义。, Min Yu, Yage Nie, Jiawen Yang, Shilun Yang, Rui Li, Varsha Rao, Xiaoyan Hu, Cheng Fang, Simeng Li, Dengpan Song, Fuyou Guo, Michael P Snyder, Howard Y Chang, Calvin J Kuo, Jin Xu, Junlei Chang, 2023 单细胞ATAC-seq分析的基本和实际方法。, Peiyu Shi, Yage Nie, Jiawen Yang, Weixing Zhang, Zhongjie Tang, Jin Xu, 2022 人类淋巴细胞发育过程中线粒体DNA的遗传瓶颈。, Zhongjie Tang, Zhaolian Lu, Baizhen Chen, Weixing Zhang, Howard Y. Chang, Zheng Hu, Jin Xu, 2022 新miRNA进化中的生存或死亡——测试新基因的红皇后假说。, Yixin Zhao, Guang-An Lu, Hao Yang, Pei Lin, Zhongqi Liufu, Tian Tang, Jin Xu, 2021 通过内源性突变进行单细胞谱系追踪，富集于转座酶可及的线粒体DNA中。, Xu, Jin; Nuno, Kevin; Litzenburger, Ulrike M; Qi, Yanyan; Corces, M Ryan; Majeti, Ravindra; Chang, Howard Y., 2019 lncRNA基因PVT1的启动子是一个肿瘤抑制DNA边界元件。, Cho, Seung Woo; Xu, Jin; Sun, Ruping; Mumbach, Maxwell R; Carter, Ava C; Chen, Y Grace; Yost, Kathryn E; Kim, Jeewon; He, Jing; Nevins, Stephanie A; et.al, 2018 自由生活的人类细胞在进化回到单细胞生物时重新配置其染色体。, Xu, Jin; Peng, Xinxin; Chen, Yuxin; Zhang, Yuezheng; Ma, Qin; Liang, Liang; Carter, Ava C; Lu, Xuemei; Wu, Chung-I., 2017 小鼠胚胎干细胞和神经祖细胞中单等位基因DNA可及性的景观。, Xu, Jin; Carter, Ava C; Gendrel, Anne-Valerie; Attia, Mikael; Loftus, Joshua; Greenleaf, William J; Tibshirani, Robert; Heard, Edith; Chang, Howard Y., 2017 Rai1的分子和神经功能，Smith-Magenis综合征的致病基因。, Huang, Wei-Hsiang; Guenthner, Casey J; Xu, Jin; Nguyen, Tiffany; Schwarz, Lindsay A; Wilkinson, Alex W; Gozani, Or; Chang, Howard Y; Shamloo, Mehrdad; Luo, Liqun., 2016 小鼠中不活跃X染色体的结构组织。, Giorgetti, Luca; Lajoie, Bryan R; Carter, Ava C; Attia, Mikael; Zhan, Ye; Xu, Jin; Chen, Chong Jian; Kaplan, Noam; Chang, Howard Y; Heard, Edith., 2016 脊椎动物中miRNA靶位点的进化能力。, Xu, Jin; Zhang, Rui; Shen, Yang; Liu, Guojing; Lu, Xuemei; Wu, Chung-I., 2013

Areas of Focus

单细胞测序技术
比较基因组学和功能基因组学
细胞中线粒体突变

Publications

MitoSort: 使用内源性线粒体变异对混合单细胞基因组数据进行稳健的去重。, Zhongjie Tang, Weixing Zhang, Peiyu Shi, Sijun Li, Xinhui Li, Yueming Li, Yicong Xu, Yaqing Shu, Zheng Hu, Jin Xu, 2024
通过scRNA-seq和scATAC-seq分析揭示Cd36+嗅觉感受神经元的细胞多样性调控机制。, Jiawen Yang, Peiyu Shi, Yiheng Li, Yachao Zuo, Yage Nie, Tao Xu, Dongjie Peng, Ziyang An, Tingting Huang, Jingyi Zhang, Weixing Zhang, Yicong Xu, Zhongjie Tang, Anan Li, Jin Xu, 2024
体细胞-生殖系通信驱动果蝇睾丸的性别维持。, Rui Zhang, Peiyu Shi, Shuyang Xu, Zhe Ming, Zicong Liu, Yuanyuan He, Junbiao Dai, Erika Matunis, Jin Xu, Qing Ma, 2024
成年小鼠脑内皮细胞的整合多组学分析及其在阿尔茨海默病中的潜在意义。, Min Yu, Yage Nie, Jiawen Yang, Shilun Yang, Rui Li, Varsha Rao, Xiaoyan Hu, Cheng Fang, Simeng Li, Dengpan Song, Fuyou Guo, Michael P Snyder, Howard Y Chang, Calvin J Kuo, Jin Xu, Junlei Chang, 2023
单细胞ATAC-seq分析的基本和实际方法。, Peiyu Shi, Yage Nie, Jiawen Yang, Weixing Zhang, Zhongjie Tang, Jin Xu, 2022
人类淋巴细胞发育过程中线粒体DNA的遗传瓶颈。, Zhongjie Tang, Zhaolian Lu, Baizhen Chen, Weixing Zhang, Howard Y. Chang, Zheng Hu, Jin Xu, 2022
新miRNA进化中的生存或死亡——测试新基因的红皇后假说。, Yixin Zhao, Guang-An Lu, Hao Yang, Pei Lin, Zhongqi Liufu, Tian Tang, Jin Xu, 2021
通过内源性突变进行单细胞谱系追踪，富集于转座酶可及的线粒体DNA中。, Xu, Jin; Nuno, Kevin; Litzenburger, Ulrike M; Qi, Yanyan; Corces, M Ryan; Majeti, Ravindra; Chang, Howard Y., 2019
lncRNA基因PVT1的启动子是一个肿瘤抑制DNA边界元件。, Cho, Seung Woo; Xu, Jin; Sun, Ruping; Mumbach, Maxwell R; Carter, Ava C; Chen, Y Grace; Yost, Kathryn E; Kim, Jeewon; He, Jing; Nevins, Stephanie A; et.al, 2018
自由生活的人类细胞在进化回到单细胞生物时重新配置其染色体。, Xu, Jin; Peng, Xinxin; Chen, Yuxin; Zhang, Yuezheng; Ma, Qin; Liang, Liang; Carter, Ava C; Lu, Xuemei; Wu, Chung-I., 2017
小鼠胚胎干细胞和神经祖细胞中单等位基因DNA可及性的景观。, Xu, Jin; Carter, Ava C; Gendrel, Anne-Valerie; Attia, Mikael; Loftus, Joshua; Greenleaf, William J; Tibshirani, Robert; Heard, Edith; Chang, Howard Y., 2017
Rai1的分子和神经功能，Smith-Magenis综合征的致病基因。, Huang, Wei-Hsiang; Guenthner, Casey J; Xu, Jin; Nguyen, Tiffany; Schwarz, Lindsay A; Wilkinson, Alex W; Gozani, Or; Chang, Howard Y; Shamloo, Mehrdad; Luo, Liqun., 2016
小鼠中不活跃X染色体的结构组织。, Giorgetti, Luca; Lajoie, Bryan R; Carter, Ava C; Attia, Mikael; Zhan, Ye; Xu, Jin; Chen, Chong Jian; Kaplan, Noam; Chang, Howard Y; Heard, Edith., 2016
脊椎动物中miRNA靶位点的进化能力。, Xu, Jin; Zhang, Rui; Shen, Yang; Liu, Guojing; Lu, Xuemei; Wu, Chung-I., 2013

单细胞测序 Scatacseq Scrnaseq 表观遗传学神经科学比较基因组学功能基因组学线粒体突变细胞异质性生物信息学

吴秋 - 同济大学

张礼斌 - 华中科技大学

吴秋 - 同济大学

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