Professor | 陈阳 | 数字化转型顾问

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Name	陈阳
Contact Information	{'en': 'Phone: 010-69156430\\nEmail: yc{at}ibms.pumc.edu.cn', 'zh': '电话: 010-69156430\\n电子邮件: yc{at}ibms.pumc.edu.cn', 'de': 'Telefon: 010-69156430\\nE-Mail: yc{at}ibms.pumc.edu.cn'}
Language ability	中文, 英文
Province	北京

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Name

陈阳

Contact Information

{'en': 'Phone: 010-69156430\\nEmail: yc{at}ibms.pumc.edu.cn', 'zh': '电话: 010-69156430\\n电子邮件: yc{at}ibms.pumc.edu.cn', 'de': 'Telefon: 010-69156430\\nE-Mail: yc{at}ibms.pumc.edu.cn'}

Language ability

中文, 英文

Province

北京

University/Lab Affiliation and Title	北京协和医学院
Faculty	Basic Medical Sciences
Academic Background & Achievements	1999.09-2002.06 学士: 中山大学，药学 2002.09-2005.06 硕士: 北京协和医学院，免疫学 2005.09-2008.06 博士: 北京协和医学院，生化与分子生物学在《Nature Methods》、《Nature Communications》、《Genome Biology》等期刊发表论文50余篇获得中国发明专利3项，软件著作权2项研究成果入选2018年和2021年中国生物信息学十大进展
Work Experience	2008.09-2011.07 - 清华大学自动化系，助理研究员 2011.08-2020.12 - 清华大学信息国家研究中心，助理研究员、副研究员 2020.12-至今 - 中国医学科学院基础医学研究所，研究员，博士生导师
Awards	2018: 研究成果入选中国生物信息学十大进展 2021: 研究成果入选中国生物信息学十大进展

University/Lab Affiliation and Title

北京协和医学院

Faculty

Basic Medical Sciences

Academic Background & Achievements

1999.09-2002.06 学士: 中山大学，药学
2002.09-2005.06 硕士: 北京协和医学院，免疫学
2005.09-2008.06 博士: 北京协和医学院，生化与分子生物学
在《Nature Methods》、《Nature Communications》、《Genome Biology》等期刊发表论文50余篇
获得中国发明专利3项，软件著作权2项
研究成果入选2018年和2021年中国生物信息学十大进展

Work Experience

2008.09-2011.07 - 清华大学自动化系，助理研究员
2011.08-2020.12 - 清华大学信息国家研究中心，助理研究员、副研究员
2020.12-至今 - 中国医学科学院基础医学研究所，研究员，博士生导师

Awards

2018: 研究成果入选中国生物信息学十大进展
2021: 研究成果入选中国生物信息学十大进展

Areas of Focus	生物时空组学技术与生物信息方法研究疾病的基因组空间结构与功能研究疾病的个体化诊疗新策略研究
Publications	癌症中的多组学代谢和表观遗传调控网络：系统生物学视角, Xuezhu Wang, Yucheng Dong, Yongchangzheng, Yang Chen, 2021 SEAM是一种用于解剖组织微环境的空间单核代谢组学方法, Zhiyuan Yuan, Qiming Zhou, Lesi Cai, Lin Pan, Weiliang Sun, Shiwei Qumu, Si Yu, Jiaxin Feng, Hansen Zhao, Yongchang Zheng, Minglei Shi, Shao Li, Yang Chen, Xinrong Zhang, Michael Q. Zhang, 2021 使用抗1,6-己二醇指数在生理条件下量化染色质相关蛋白的相分离特性, Minglei Shi, Kaiqiang You, Taoyu Chen, Chao Hou, Zhengyu Liang, Mingwei Liu, Jifeng Wang, Taotao Wei, Jun Qin, Yang Chen, Michael Q Zhang, Tingting Li, 2021 开放染色质的空间密度：拓扑关联域功能表征的有效指标, Shuai Jiang, Hao Li, Hao Hong, Guifang Du, Xin Huang, Yu Sun, Junting Wang, Huan Tao, Kang Xu, Cheng Li, Yang Chen, Hebing Chen, Xiaochen Bo, 2020 PhaSepDB：一个与液-液相分离相关的蛋白质数据库, Kaiqiang You, Qi Huang, Chunyu Yu, Boyan Shen, Cristoffer Sevilla, Minglei Shi, Henning Hermjakob, Yang Chen, Tingting Li, 2020 HiCDB：一种检测接触域边界的敏感且稳健的方法, Fengling Chen, Guipeng Li, Michael Q Zhang, Yang Chen, 2018 FIND：使用空间泊松过程检测差异染色质相互作用, Mohamed Nadhir Djekidel, Yang Chen, Michael Q. Zhang, 2018 特定染色质构象的改变影响ATRA诱导的白血病细胞分化, Yanjian Li, Yi He, Zhengyu Liang, Yang Wang, Fengling Chen, Mohamed Nadhir Djekidel, Guipeng Li, Xu Zhang, Shuqin Xiang, Zejun Wang, Juntao Gao, Michael Q. Zhang, Yang Chen, 2018 BL-Hi-C是一种高效且灵敏的方法，用于捕获结构和调控染色质相互作用, Zhengyu Liang, Guipeng Li, Zejun Wang, Mohamed Nadhir Djekidel, Yanjian Li, Minping Qian, Michael Q. Zhang, Yang Chen, 2017 使用3D微支架工程化EMT以促进肝功能用于药物肝毒性评估, Jingyu Wang, Fengling Chen, Longwei Liu, Chunxiao Qi, Bingjie Wang, Xiaojun Yan, Chenyu Huang, Wei Hou, Michael Q. Zhang, Yang Chen, Yanan Du, 2016 3CPET：使用分层狄利克雷过程从ChIA-PET数据中寻找共因子复合物, Mohamed Nadhir Djekidel, Zhengyu Liang, Qi Wang, Zhirui Hu, Guipeng Li, Yang Chen, Michael Q. Zhang, 2015

Areas of Focus

生物时空组学技术与生物信息方法研究
疾病的基因组空间结构与功能研究
疾病的个体化诊疗新策略研究

Publications

癌症中的多组学代谢和表观遗传调控网络：系统生物学视角, Xuezhu Wang, Yucheng Dong, Yongchangzheng, Yang Chen, 2021
SEAM是一种用于解剖组织微环境的空间单核代谢组学方法, Zhiyuan Yuan, Qiming Zhou, Lesi Cai, Lin Pan, Weiliang Sun, Shiwei Qumu, Si Yu, Jiaxin Feng, Hansen Zhao, Yongchang Zheng, Minglei Shi, Shao Li, Yang Chen, Xinrong Zhang, Michael Q. Zhang, 2021
使用抗1,6-己二醇指数在生理条件下量化染色质相关蛋白的相分离特性, Minglei Shi, Kaiqiang You, Taoyu Chen, Chao Hou, Zhengyu Liang, Mingwei Liu, Jifeng Wang, Taotao Wei, Jun Qin, Yang Chen, Michael Q Zhang, Tingting Li, 2021
开放染色质的空间密度：拓扑关联域功能表征的有效指标, Shuai Jiang, Hao Li, Hao Hong, Guifang Du, Xin Huang, Yu Sun, Junting Wang, Huan Tao, Kang Xu, Cheng Li, Yang Chen, Hebing Chen, Xiaochen Bo, 2020
PhaSepDB：一个与液-液相分离相关的蛋白质数据库, Kaiqiang You, Qi Huang, Chunyu Yu, Boyan Shen, Cristoffer Sevilla, Minglei Shi, Henning Hermjakob, Yang Chen, Tingting Li, 2020
HiCDB：一种检测接触域边界的敏感且稳健的方法, Fengling Chen, Guipeng Li, Michael Q Zhang, Yang Chen, 2018
FIND：使用空间泊松过程检测差异染色质相互作用, Mohamed Nadhir Djekidel, Yang Chen, Michael Q. Zhang, 2018
特定染色质构象的改变影响ATRA诱导的白血病细胞分化, Yanjian Li, Yi He, Zhengyu Liang, Yang Wang, Fengling Chen, Mohamed Nadhir Djekidel, Guipeng Li, Xu Zhang, Shuqin Xiang, Zejun Wang, Juntao Gao, Michael Q. Zhang, Yang Chen, 2018
BL-Hi-C是一种高效且灵敏的方法，用于捕获结构和调控染色质相互作用, Zhengyu Liang, Guipeng Li, Zejun Wang, Mohamed Nadhir Djekidel, Yanjian Li, Minping Qian, Michael Q. Zhang, Yang Chen, 2017
使用3D微支架工程化EMT以促进肝功能用于药物肝毒性评估, Jingyu Wang, Fengling Chen, Longwei Liu, Chunxiao Qi, Bingjie Wang, Xiaojun Yan, Chenyu Huang, Wei Hou, Michael Q. Zhang, Yang Chen, Yanan Du, 2016
3CPET：使用分层狄利克雷过程从ChIA-PET数据中寻找共因子复合物, Mohamed Nadhir Djekidel, Zhengyu Liang, Qi Wang, Zhirui Hu, Guipeng Li, Yang Chen, Michael Q. Zhang, 2015

时空组学生物信息学基因组结构疾病功能个体化治疗基因组学生物信息方法诊断策略治疗策略疾病基因组学

周源 - 北京大学

吴华君 - 北京大学

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多组学 | 统计 | 数据分析 | 癌症 | 基因组学 | 生物信息学 | 计算生物学 | 研究 | 开发 | 应用

房萍萍 - 武汉大学

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