Professor | 徐沁 | 数字化转型顾问

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Name	徐沁
Contact Information	xuqin523@sjtu.edu.cn
Language ability	英语, 汉语
Province	上海

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Name

徐沁

Contact Information

xuqin523@sjtu.edu.cn

Language ability

英语, 汉语

Province

上海

University/Lab Affiliation and Title	上海交通大学
Faculty	Life Sciences
Academic Background & Achievements	2001 北京大学生物学士学位 2008 美国田纳西大学生物博士学位 2009 美国田纳西大学统计学硕士学位
Work Experience	2010-2012 田纳西大学/橡树岭国家实验室分子生物物理中心博士后研究 2013至今上海交通大学生命科学技术学院副研究员 2018年兼职浙江大学台州研究院材料科学与技术研究所特聘研究员 2019年兼职上海交通大学-耶鲁大学生物统计和数据科学联合中心研究员
Awards	2017.10 浙江台州市“500精英”人才

University/Lab Affiliation and Title

上海交通大学

Faculty

Life Sciences

Academic Background & Achievements

2001 北京大学生物学士学位
2008 美国田纳西大学生物博士学位
2009 美国田纳西大学统计学硕士学位

Work Experience

2010-2012 田纳西大学/橡树岭国家实验室分子生物物理中心博士后研究
2013至今上海交通大学生命科学技术学院副研究员
2018年兼职浙江大学台州研究院材料科学与技术研究所特聘研究员
2019年兼职上海交通大学-耶鲁大学生物统计和数据科学联合中心研究员

Awards

2017.10 浙江台州市“500精英”人才

Areas of Focus	计算结构生物学生物物理学生物统计学
Publications	拟南芥丝氨酸/苏氨酸激酶1（SIK1）的磷酸化通过变构调节机制, 穆俊玺, 周佳丽, 龚青秋, 徐沁, 2022 SPVec：一种受Word2vec启发的药物-靶点相互作用预测特征表示方法, 张玉芳, 王相庚, Aman Chandra Kaushik, 褚燕怡, 单晓琪, 赵明珠, 徐沁, 魏东青, 2020 蛋白酶结构域中Cys22和Cys27之间的二硫键调节凝血因子X的凝血活性, 李芳, 陈长明, 曲思颖, 赵明珠, 谢小玲, 吴曦, 李磊, 王雪峰, 丁秋兰, 徐沁, 魏东青, 吴文满, 2019 微生物代谢物的细胞内浓度的理论研究, 杨海峰, 张晓南, 李燕, 张永红, 徐沁, 魏东青, 2017 胆固醇与C99多个位点的动态结合：通过粗粒化和全原子模拟揭示, 李成东, 徐沁, 顾若旭, 屈静, 魏东青, 2017 单价离子通过分子动力学模拟探索的被动跨膜渗透机制, 张慧媛, 徐沁, 王玉坤, 赵堂镇, 胡丹, 魏东青, 2016 通过分子动力学模拟用新药候选物wgx-50破坏阿尔茨海默病Aβ42原纤维的稳定性, 范怀孟, 顾若旭, 王艳静, 皮云龙, 张永红, 徐沁, 魏东青, 2015 蛋白质赖氨酸甲基转移酶的QM/MM自由能模拟洞察：写入表观遗传标记的能量三元组, 徐沁, 褚玉卓, 郭浩波, 史杰瑞米, 郭洪, 2009 底物辅助催化和特异性中动力学的重要性, 徐沁, 郭浩波, 亚历山大·沃达韦尔, 郭洪, 2006 胞嘧啶脱氨酶紧密结合近完美过渡态类似物的起源：对酶催化的启示, 郭浩波, 饶宁, 徐沁, 郭洪, 2005

Areas of Focus

计算结构生物学
生物物理学
生物统计学

Publications

拟南芥丝氨酸/苏氨酸激酶1（SIK1）的磷酸化通过变构调节机制, 穆俊玺, 周佳丽, 龚青秋, 徐沁, 2022
SPVec：一种受Word2vec启发的药物-靶点相互作用预测特征表示方法, 张玉芳, 王相庚, Aman Chandra Kaushik, 褚燕怡, 单晓琪, 赵明珠, 徐沁, 魏东青, 2020
蛋白酶结构域中Cys22和Cys27之间的二硫键调节凝血因子X的凝血活性, 李芳, 陈长明, 曲思颖, 赵明珠, 谢小玲, 吴曦, 李磊, 王雪峰, 丁秋兰, 徐沁, 魏东青, 吴文满, 2019
微生物代谢物的细胞内浓度的理论研究, 杨海峰, 张晓南, 李燕, 张永红, 徐沁, 魏东青, 2017
胆固醇与C99多个位点的动态结合：通过粗粒化和全原子模拟揭示, 李成东, 徐沁, 顾若旭, 屈静, 魏东青, 2017
单价离子通过分子动力学模拟探索的被动跨膜渗透机制, 张慧媛, 徐沁, 王玉坤, 赵堂镇, 胡丹, 魏东青, 2016
通过分子动力学模拟用新药候选物wgx-50破坏阿尔茨海默病Aβ42原纤维的稳定性, 范怀孟, 顾若旭, 王艳静, 皮云龙, 张永红, 徐沁, 魏东青, 2015
蛋白质赖氨酸甲基转移酶的QM/MM自由能模拟洞察：写入表观遗传标记的能量三元组, 徐沁, 褚玉卓, 郭浩波, 史杰瑞米, 郭洪, 2009
底物辅助催化和特异性中动力学的重要性, 徐沁, 郭浩波, 亚历山大·沃达韦尔, 郭洪, 2006
胞嘧啶脱氨酶紧密结合近完美过渡态类似物的起源：对酶催化的启示, 郭浩波, 饶宁, 徐沁, 郭洪, 2005

分子模拟蛋白质复合物催化机制结构功能关系调控原理计算方法数据分析分子动力学蛋白质相互作用统计建模

徐沁 - 上海交通大学

蔡煜东 - 上海大学

叶升 - 浙江大学

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